二、分型
口蹄疫病毒基因组变异频繁，不同分离株以及同一毒株不同代次之间存在明显的核苷酸差异。根据病毒抗原的差异，口蹄疫病毒分为7 个血清型，各血清型间无交叉免疫。依据病毒分子遗传演化，在同一血清型中可分为不同的基因型/拓扑型，基因型不仅可明确反映各毒株之间的亲缘关系，而且进一步反映了不同分离株的遗传关联和地域特征。
（一）O 型
此血清型包括8 个拓扑型，分别为中国型（Cahtay）、中东-南亚型（Middle East-South Asia，ME-SA）、东南亚型（South East Asia，SEA）、欧洲-南美型（Europe-South America，Euro-SA）、印尼1 型（Indonesia-1，ISA-1）、印尼2 型（Indonesia-2，ISA-2）、东非型（East Africa，EA）和西非型（West Africa，WA）。O 型是口蹄疫病毒临床分离毒株中最常见的血清型，其中近年来大多数分离株属于ME-SA 拓扑型中的泛亚谱系。而我国最近流行的O/MYA98毒株属于SEA 拓扑型中的Mya98 谱系。该谱系还包括以前称之为耿马谱系（GML）的1997年GM 毒、2002年GM 华南支系及2003年GM 北方支系的流行毒株。
（二）AsiaI 型（亚洲I 型）
对此型口蹄疫病毒的核苷酸序列分析，表明其变异程度较低，不同毒株间核苷酸差异仅为15.6%，比其他血清型中不同病毒分离株间核苷酸差异低，因此现在没有将其分为不同的基因型/拓扑型。
（三）A 型
此型口蹄疫病毒包括3 个地域分明的拓扑型，分别为欧洲-南美型（Euro-SA）、亚洲型（Asia）和非洲型（Africa）。
（四）C 型
此型主要分为8 个拓扑型，分别为欧洲型（Euro）、南美型（SA）、菲律宾型（Philippines）、安哥拉型（Angola）、中东-南亚型（ME-SA）、斯里兰卡型（Sri-Lanka）、东亚型（EA）和塔吉克斯坦型（Tadzhikistan）。
（五）SAT1 型（南非1 型）
主要分为3 个拓扑型，分别为发生于津巴布韦东南部和南非的I 型（SEZ），发生于津巴布韦西部、博茨瓦纳和纳米比亚的Ⅱ型（WZ），发生于津巴布韦西北部、赞比亚和马拉维的Ⅲ型（NWZ）。
（六）SAT2 型（南非2 型）
主要分为2 个拓扑型。1981—1991年的津巴布韦的毒株属于一个拓扑型，另一个是流行于整个南非地区并扩散到东亚和中东地区的毒株。与SAT1 和SAT3 型不同的是，SAT2 型的2 个拓扑型似乎不存在地缘性关系。
（七）SAT3 型（南非3 型）
主要分为3 个拓扑型，即津巴布韦东南部及南非（Ⅰ-SEZ）、津巴布韦西部及博茨瓦纳（Ⅱ-WZ）、津巴布韦西北部及马拉维（Ⅲ-NWZ），其地域分布与南非1 型基本一致。