按照《伯吉氏系统细菌学手册》第二版第四册,流产嗜性衣原体在分类上属衣原体科、嗜性衣原体属。该属除流产嗜性衣原体外,还有鹦鹉热嗜性衣原体、肺炎嗜性衣原体、反刍动物嗜性衣原体、猫嗜性衣原体和豚鼠嗜性衣原体。其中肺炎嗜性衣原体属于人源嗜性衣原体,其他5 种均属于动物源嗜性衣原体。