该病病毒基因组为单股正链RNA，由两个完全相同的单体组成二聚体，在5’端由氢键倒置连接起来。基因组除含有群特异性抗原基因（gag）、聚合酶基因（pol）、囊膜基因（env）外，还含有tax 和rex 2 个辅助基因。其基因组顺序为5’-LTR-gag-pol-env-pXBL-LTR-3’，LTR 为长末端重复序列。牛白血病病毒没有肉瘤基因（src）和肿瘤基因（onc）。
