感染母羊的主要病变是胎盘炎，胎盘母面绒毛小叶出现边缘充血、坏死，其周围出现颗粒性增厚、坏死。子叶的颜色呈暗红色、粉红色或土黄色。绒毛膜由于水肿而整个或部分增厚。组织学变化主要表现为灶性坏死、水肿、脉管炎及炎性细胞浸润，在组织切片中的胞质内可见流产嗜性衣原体。
流产胎儿的肝充血、肿胀，质地变脆，有的在其表面出现很多白色针尖大的病灶。皮肤、皮下、胸腺及淋巴结等处有点状出血、水肿，尤以脐部、背部和脑后最为明显。胸腔和腹腔聚积有血色渗出物。
