小反刍兽疫病毒基因组为不分节段的单股负链RNA，全长约16 kb，从3’端到5’端依次是N、P、M、F、H、L 6 个基因，分别编码6 种结构蛋白，依次是核衣壳蛋白、磷蛋白、膜蛋白、融合蛋白、血凝素蛋白和大蛋白。该病毒L 和M 基因高度保守，非编码区变异较高，如F 与M 基因之间富含GC 的区域。
