该病毒编码的前体蛋白PrgP140 经蛋白水解酶的切割和糖基化酶的修饰，被加工成成熟的病毒结构蛋白C、Er ns、E1 和E2，其中Er ns、E1 和E2 是糖基化蛋白。Er ns 和E2 可诱导机体产生保护性免疫反应。其中E2 蛋白免疫原性最强，含有病毒主要的抗原决定簇，参与病毒的囊膜结构，是决定牛病毒性腹泻抗原反应性的主要部位，也是与牛病毒性腹泻病毒抗体结合、介导免疫中和反应与宿主识别、吸附的主要部位。
