α 毒素基因位于染色体上，编码α 毒素基因的开放阅读框为1 194 bp，编码398 个氨基酸，分子量为45.473 kD。各型菌株的α 毒素基因均位于染色体上同一位点。由于α 毒素位于第一复制区，又含有许多看家基因，故是基因组中最保守、最重要的区域。ε 毒素D 型菌的主要致病因子，其编码基因etx 位于质粒上。
