口蹄疫病毒尤其对酸、碱十分敏感，甲醛的熏蒸消毒最为常用。0.5%过氧乙酸主要用于对污染的用具、车辆、饲槽以及污染的皮毛等进行消毒。2%～4%的氢氧化钠常用于消毒被污染的畜舍地面、墙壁、运动场、污物等，亦可用于屠宰场、食品厂等地面以及运输车船等物品的消毒。有机氯类消毒剂亦对口蹄疫病毒具有良好的消毒效果，常用的有机氯消毒剂有强力消毒灵、次氯酸钠、“84”消毒液、抗毒威等。
