2 器材
2.1 仪器
分析天平、高速离心机、真空干燥器、PCR 扩增仪、电泳仪、电泳槽、紫外凝胶成像仪(或紫外分析仪)、液氮或-70℃冰箱、微波炉、组织研磨器、-20℃冰箱、可调移液器(2 μL 、20 μL、200 μL、1 000 μL)。
2.2 耗材
眼科剪、眼科镊、称量纸、20 mL 一次性注射器、1.5 mL 灭菌离心管、0.2 mL 薄壁PCR 管、琼脂糖、500 mL 量筒、500 mL 锥形瓶、吸头(10 μL、200 μL、1 000 μL)、灭菌双蒸水。
2.3 引物设计
根据GenBank 上已发表的炭疽杆菌POX1 质粒序列,设计并合成了以下两条引物:
ATXU:5’-AGAATGTATCACCAGAGGC-3’ATXD:5’-GTTGTAGATTGG AGC
CGTC-3’,此对引物扩增片段为394 bp。
2.4 样品的采集与处理
2.4.1 样品的采集
病死或扑杀的动物取肝脏或脾;待检的活动物,用注射器取血5~10 mL,2~8℃保存,送实验室检测。
2.4.2 样品的处理
每份样品分别处理。
2.4.2.1 组织样品处理
称取待检病料0.2 g,置研磨器中剪碎并研磨,加入2 mL 消化液继续研磨。取已研磨好的待检病料上清100 μL 加入1.5 mL 灭菌离心管中,再加入500 μL 消化液和10 μL 蛋白酶K 溶液,混匀后,置55℃水浴中4~16 h。
2.4.2.2 待检菌的处理
取培养获得的菌落,重悬于生理盐水中。取其悬液100 μL 加入1.5 mL灭菌离心管中,再加入500 μL 消化液和10 μL 蛋白酶K 溶液,混匀后,置55℃水浴中过夜。
2.4.2.3 全血样品处理
待血凝后取上清放于离心管中,4℃8 000 g 离心5 分钟,取上清100 μL,加入500 L 消化液和10 μL 蛋白酶K 溶液,混匀后,置55℃水浴中过夜。
2.4.2.4 阳性对照处理
取培养的炭疽杆菌,重悬于生理盐水中。取其悬液100 μL,置1.5 mL 灭菌离心管中,加入500 μL 消化液和10 μL 蛋白酶K 溶液,混匀后,置55℃水浴中过夜。
2.4.2.5 阴性对照处理
取灭菌双蒸水100 μL,置1.5 mL 灭菌离心管中,加入500 μL 消化液10 μL 蛋白酶K 溶液,混匀后,置55℃水浴中过夜。
2.5 DNA 模板的提取
2.5.1 取出已处理的样品及阴、阳对照,加入600 μL 酚/氯仿/异戊醇混合液,用力颠倒10 次混匀,12 000 g 离心10 min。
2.5.2 取上清置1.5 mL 灭菌离心管中,加入等体积异丙醇,混匀,置液氮中3 分钟。取出样品管,室温融化,15 000 rpm 离心15 min。
2.5.3 弃上清,沿管壁缓缓滴入1 mL 70%乙醇,轻轻旋转洗一次后倒掉,将离心管倒扣于吸水纸上1 min,真空抽干15 min(以无乙醇味为准)。
2.5.4 取出样品管,用50 μL 灭菌双蒸水溶解沉淀,作为模板备用。
2.6 PCR 扩增
总体积20 μL,取灭菌双蒸水8 μL,2.5 mmol/L dNTP、8 pmol/μL 扩增引物、15 mmol/L 氯化镁、10×PCR 缓冲液、0.5 单位TaqDNA 聚合酶各2 μL,2 μL模板DNA。混匀,做好标记,加入矿物油20 μL 覆盖(有热盖的自动DNA 热循环仪不用加矿物油)。扩增条件为94℃3 min 后,94℃30 s,58℃30 s,72℃30 s 循环35 次,72℃延伸5 min。
2.7 电泳
将PCR 扩增产物15 μL 混合3 μL 上样缓冲液,点样于1.5%琼脂糖凝胶孔中,以5 V/cm 电压于1×TAE 缓冲液中电泳,紫外凝胶成像仪下观察结果。
2.8 结果判定
在阳性对照出现394 bp 扩增带、阴性对照无带出现(引物带除外)时,试验结果成立。被检样品出现394 bp 扩增带为炭疽杆菌阳性,否则为阴性。