（一）虫体显微镜检查
将采集的待检样品少量置于载玻片中，盖上盖玻片，在100 倍显微镜下将视野放暗进行检查。或将待检样品少量滴于载玻片一端，推成均匀的薄膜，在室温条件下干燥后用甲醇固定。将固定的抹片浸入吉姆萨染色液中，染色1 h，取出水洗后镜检。
（二）分子生物学诊断
以分子基础的PCR 技术已用于毛滴虫鉴定。随着培养液、子宫液和阴茎包皮垢中毛滴虫诊断方法的改进，DNA 探针技术得到发展。此方法快速、简便、可靠，能检测出培养液中的单一虫体或包皮垢中的10 个病原体。
