该病毒基因组为单股正链RNA，长12.3～12.5 kb，包括5’UTR、编码区和3’UTR，编码4 种结构蛋白p14、gp48、gp25、gp53 和8 种非结构蛋白p20、p7、p125、p10、p30、p58、p75。5’UTR 长380～385 bp，在各牛病毒性腹泻病毒株间有高度保守性，可作为病毒检测和分型的靶基因。BVDV1 和BVDV2 的5’UTR 差异率在10%左右。
