（一）病理剖检变化
病畜主要表现为口腔、咽喉、鼻腔、气管和支气管黏膜有溃疡；蹄间水疱破裂后，常发生继发性感染，表现为深部组织坏死及化脓；反刍动物胃部黏膜可见水疱及破裂烂斑；幼龄动物心肌坏死，心肌切面有灰白色或浅黄色斑点或条纹，表现为“虎斑心”。
（二）组织学病变
表现为皮肤棘层的上皮细胞气性变性，随着细胞坏死、水肿液积聚，水疱形成并融合，形成口蹄疫特征性的水疱，也会波及瘤胃、网胃、瓣胃的鳞状上皮。心肌组织表现为广泛性的细胞质嗜酸性物质皱缩、核固缩及细胞间质增宽，肌纤维变性坏死。
