政府部门首先是一个公共机构，代表广大人民群众的利益，负责维护公共利益和安全
“为人民服务”是其根本宗旨和指导思想。同时，政府作为创新制度的供给者，是经济活动的重要参与者。制度的作用体现在明确游戏规则、稳定各方预期等方面。笔者将政府在创新中的重要作用归纳为以下6个方面：
第一，反垄断，鼓励竞争。竞争性市场是刺激创新和从公司和个人层面的知识积累中获益的必要条件，而垄断被认为会扼杀创新。为此政府需要制定和实施《反垄断法》，鼓励更多的竞争。
第二，提供产权保护。知识产权保护是对创新者的最大激励，使之可以在一定时期内享有创新带来的好处。美国1980年通过的《“拜杜”大学和小企业专利法案》（Bayh-Dole University and Small Business Patent Act），明确科研人员而不是所在机构，享有发明创造的知识产权，鼓励他们将自身的发明商业化。这一法案已为世界各国所仿效。
第三，提供企业所需信息，减少信息不对称。企业可以从更丰富的信息环境中受益，而政府部门掌握了大量社会公共数据，这些数据本身就是一个重要的创新之源。政府可以通过预见性技术项目、情景研究和其他举措来改善这种环境，以减少不确定性并为创新型企业创造学习平台。(https://www.daowen.com)
第四，推动产学研合作。推动创新成果产业化，政府出资鼓励公办研究机构与企业成立合作研究机构，对企业之间成立合作研究机构放宽反垄断法的管制条件，对研发投入予以税收减免等。
第五，资助研究机构和创新企业。直接成立国立研究所或资助研究型大学的科研工作，为科技企业，特别是中小科技企业提供财政补助，减免税收等。间接的资助是通过政府机构如国防部等机构通过项目招标的方式，采购创新产品。
第六，直接参与创新。政府通过公私合作直接资助高科技项目。美国先进技术计划（American Advanced Technology Program）是这方面的典型之一，其定位为推动“从发明到创新”，直接介入高科技项目的资助（以中小企业为主），帮助他们企业尽快将发明商业化。
综上可以发现，三类机构各有其主导逻辑。从系统论的视角看，创新是一种“涌现”（emerge），它以现实多元性为其存在的前提。正是在此意义上，创新体系理论首先强调的是三者的差异性，而非一致性，因此不同参与方运行的指导思想不可能也没有必要统一。试想，如果一所大学按照利润最大化的思想来建设，无疑有悖于其初心；企业也不宜以追求真理为目的而无视现实的生存问题。
但是，在创新体系各方应该遵循的准则中，我们认为还是存在一个“元准则”，需要各方共同遵守。元准则是形成各类制度的基本准则，对于三类机构都同样适用。创新体系建设的目的，不仅包括各个主体的创新能力的提升，同时还有需要通过良性互动，形成创新友好的氛围。而这种互动、合作、竞争都离不开良好的法治环境，以及由此带来的相互信任感和稳定预期。这才是创新体系的本质，它是一种软性的制度环境，需要多方经历多年的反复博弈而建成的。
据此，笔者提出，创新体系包含两个层面的结构，它们之间相互作用、相互影响。一个层面是物质层面，包括各类创新主体开展活动和互动的领域，是实体层面的因素；另一个层面是精神层面，包括与企业家精神相匹配的法治精神、契约精神、以人为本的思想和可持续发展等价值观因素，构成为一个创新体系运行的指导思想体系，影响乃至决定着前一个层面的行动，体现出一个创新体系的优劣。