由于长期便秘，粪便逐渐在肠腔中堆积起来，且粪便中的水分每天不断地被肠管吸收，粪便变得更加坚硬起来，以至完全不能从肠道内排出。此时梗阻部位以上的肠腔内细菌数量显著增加，并快速繁殖起来，由此而产生了多种强烈的毒素。这些毒素不断地渗透到梗阻处受损的肠腔，并渗透到腹腔，于是大量的细菌毒素经过静脉回流，容易发生严重的感染，轻则出现腹膜炎，严重者可造成全身的毒血症，这就是所谓由肠梗阻引起的粪中毒。
