分析型流式细胞仪只能用于流式分析，细胞样品经流式细胞仪的液流系统被仪器分析后最终进入废液桶，不能回收利用。分选型流式细胞仪能够分选回收样品细胞内的目的细胞，用于后续功能实验。由于多了一个分选系统，它既能用于流式分析，也能用于流式分选。但分选型流式细胞仪进样管道较长，要求处于无菌状态，故一般较少用作流式分析。一般检测平台同时配备分析型和分选型流式细胞仪，以提高效率，避免污染。(https://www.daowen.com)
