蛋白质组学分类
1.定量蛋白质组学（quantitative proteomics） 是对一个基因组表达的全部蛋白质或一个复杂混合体系内所有蛋白质进行精确鉴定和定量。可用于筛选和寻找任何因素引起的样本之间的差异表达蛋白质，结合生物信息学揭示细胞生理病理功能，同时也可对某些关键蛋白质进行定性和定量分析。
（1）标记定量：带同位素标签的蛋白质组学技术（TMT／iTRAQ）均为体外标记技术，采用N（4／8／10）种同位素编码的标签，通过特异性标记多肽的氨基基团，然后进行串联质谱分析，可同时比较N 个不同样品中蛋白质的相对含量。在一级谱图中，来自不同样本的同一肽段，标记后表现为相同的质荷比。在二级谱图中，报告基团、平衡基团和反应基团之间的键断裂，带不同同位素标签的同一肽段产生质量不同的报告离子，根据报告离子的丰度可获得样本间相同肽段的定量信息，再经过软件处理得到蛋白质的定量信息（图21-7）。
图21-7 标记定量蛋白质组学检测示意图
（2）非标记定量 非标记（label free）蛋白质组学定量技术，通过液质联用技术对蛋白质酶解肽段进行质谱分析，比较不同样品中相应肽段的信号强度，从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量（图21-8）。
图21-8 非标记定量蛋白质组学检测示意图(https://www.daowen.com)
（3）数据非依赖性采集（data independent acquisition，DIA）：是指样品在进入二级质谱时，按照设定的质荷比m／z范围，对该范围内所有的母离子进行碎片化，而不是依赖信号强度进行母离子的挑选。与传统的数据依赖性采集（data dependent acquisition，DDA）模式相比，DIA方法具有重复性好、蛋白质覆盖率高、定量准确性高等特点，适用于大样本，但样本少时成本较高（图21-9）。
2.定性蛋白质组 蛋白质定性分析是指利用质谱法进行蛋白质鉴定和序列分析（图21-10）。
图21-9 数据非依赖性采集（DIA）示意图
图21-10 蛋白质定性分析示意图