常用功能和通路富集分析在线数据库
1.注释、可视化和整合发现数据库（The Database for Annotation，Visualization and Integrated Discovery，DAVID） 由美国弗雷德里克国家癌症研究所Richard A Lempicki领导的团队开发，目前最新版本为DAVID 6.8（更新至2016年10月）。DAVID提供了一套完整的功能性注释工具，供研究人员理解大量基因背后的生物学意义。
2.DAVID GO和KEGG富集分析操作简介 首先，登录DAVID（https：／／david.ncifcrf.gov／homej.sp），主界面如图20-17。然后，点击“Functional Annotation”选项卡进入基因列表上传界面，如图20-18。
图20-14 OMIM 主页界面
图20-15 Gene Map疾病基因检索界面
图20-16 OMIM 疾病相关基因检索结果界面
图20-17 DAVID主页界面
图20-18 DAVID 基因列表上传及列表类型选择界面
图20-19 DAVID基因种属选择提示对话框(https://www.daowen.com)
选择“Upload”选项卡，在“Step 1：Enter Gene List”对话框中粘贴待分析的基因列表（如Gene Symbol），在“Step 2：Select Identifier”中选择对应的类型如“OFFICAL＿GENE＿SYMBOL”，在“Step 3：List Type”中选择“Gene List”，最后点击“Step 4：Submit List”下的Submit List按钮。这时，网站会弹出种属选择提示框如图20-19。
单击“确定”按钮进入DAVID种属选择界面（图20-20），在List选项卡下选择种属，如人为“Homo sapiens（105）”，括号内的数字为提交的基因数目；然后选择List Manager下对应的List（提交多个list或前面操作多次时会有多个list），点击“Select List to”下的“Use”按钮进入新界面。
在新界面（图20-21）中，首先点击页面右侧上方的“Clear All”按钮，清空所有勾选项；然后点击“Gene＿Ontology”前的“+”号，勾选“GOTERM＿BP＿DIRECT”“GOTERM＿CC＿DIRECT”“GOTERM＿MF＿DIRECT”；点击 “Pathways”前的“+”号，勾选“KEGG＿PATHWAY”；最后点击“Functional Annotation Chart”按钮提交分析。此处的“BP”“CC”“MF”分别代表GO分类中生物过程（Biological Process）、细胞组分（Cellular Component）和分子功能（Molecular Function）3个部分。
图20-20 DAVID种属选择及基因列表确认页面
图20-21 DAVID GO和KEGG分析参数选择界面
系统在新弹出的页面会显示分析结果，可以点击列表右上方的“Download File”按钮下载结果（图20-22）。
图20-22 DAVID结果和下载界面
对于KEGG类型的结果，点击蓝色下划线链接会弹出新界面，显示具体通路图。提交的Gene List中在本通路上富集到的基因会标记为红色星号（图20-23）。
总之，中药网络药理学的出现为中医药相关研究提供了有力工具，其自身在不断发展中，新的研究方法和工具在不断涌现。但是中药网络药理学总体上还处于起步阶段，尚面临较多的挑战，如生物数据库资源的质量及可靠性评价、网络分析结果的验证等，对于中医药工作者来说，在充分掌握网络药理学研究方法的基础上，进行中医药相关研究的理性设计至关重要，从而加速中医药的现代化和国际化。
图20-23 DAVID KEGG信号通路图