质粒酶切产物或PCR产物的割胶回收操作
如果酶切时选择的是双酶切反应，且切下来的两个酶切位点中间的废弃片段较长，这时凝胶电泳时就会有两条条带出现（一个是需要回收的大条带，另一个是不需要的小条带），实验中需要将大条带通过割胶回收的方式纯化出来，才能继续下一步的连接反应。同样，如果通过PCR扩增而来的产物中除特定长度的目的条带以外，还扩增出其他长度不一的杂带，那么PCR产物就需要首先进行凝胶电泳，然后将凝胶中的目的条带割胶回收纯化出来。凝胶回收纯化后的PCR产物在经过两个末端的酶切反应后，可以直接进行“步骤二”的纯化过程，纯化后的产物就可以直接进行连接反应。下面以“普通琼脂糖凝胶DNA 回收试剂盒（DP209）”为例，说明质粒酶切产物、PCR扩增产物、PCR产物酶切反应后的直接纯化操作。
（1）吸附柱平衡：将吸附柱CA2放入收集管中，向吸附柱中加入500μl平衡液BL，12 000 rpm离心1 min，倒掉收集管中的废液，将吸附柱CA2重新放回收集管中。
（2）用刀片将单一的目的DNA条带从琼脂糖凝胶中切下（尽量切除多余部分），放入干净的离心管中，称取重量。
（3）向胶块中加入等倍体积溶液PN（如果凝胶重为0.1 g，其体积可视为100μl，则加入100μl PN溶液），50℃水浴放置，其间不断温和地上下翻转离心管，以确保胶块充分溶解。胶块完全溶解后，从水浴锅中拿出，待溶液温度降至室温再进行下一步操作，因为吸附柱在室温时结合DNA的能力较强。对于回收＜300 bp的小片段可在加入溶液PN 完全溶胶后再加入1／2胶块体积的异丙醇以提高回收率。
（4）将所得溶液加入平衡好的吸附柱CA2中，室温放置2 min，12 000 rpm 离心30～60 s，倒掉收集管中的废液，将吸附柱CA2放入收集管中。(https://www.daowen.com)
（5）向吸附柱CA2中加入600μl漂洗液PW（使用前需加入一定体积的无水乙醇），12 000 rpm离心30～60 s，倒掉收集管中的废液，将吸附柱CB2放入收集管中。
（6）再次向吸附柱CA2中加入600μl漂洗液PW，12 000 rpm 离心30～60 s，倒掉收集管中的废液，将吸附柱CA2放入收集管中。
（7）继续12 000 rpm离心2 min，尽量除去漂洗液。将吸附柱CA2放入一个干净的1.5 ml离心管中（可用剪刀提前剪去管子的盖子），室温放置2～3 min，彻底晾干，以防止残留的漂洗液影响下一步的实验。
（8）向吸附柱CA2的膜中间位置悬空滴加30～50μl纯水，室温放置2 min。12 000 rpm离心2 min，即为纯化后的质粒或PCR产物酶切后的特定DNA片段。
（9）使用紫外分光光度计检测浓度和纯度，然后即可进行质粒和PCR产物的连接反应了。