质粒和PCR产物的琼脂糖凝胶电泳
根据酶切反应的数量进行凝胶配制。如Bio-Rad提供的制胶梳子有3孔、5孔、8孔、11孔、25孔几种，最常用的是8孔和11孔的梳子。8孔梳子制得的凝胶每孔可加入20～30μl样品，11孔的梳子可以加入10～15μl样品，两种梳子对应的胶槽需要25～30 ml的缓冲液。另外，不同条带大小的DNA电泳时需要配制不同浓度的琼脂糖凝胶，具体可参见表12-3进行选择。下面以8孔梳子、1%（w／v）琼脂糖凝胶制备过程为例介绍实验过程。
表12-3 不同琼脂糖凝胶浓度适合电泳分离的DNA长度
（1）取出制胶板和制胶梳子，清洗干净并用吸水纸擦干，将梳子正确插在制胶板上，梳子齿下缘应与胶槽底面保持1 mm 左右的间隙。
（2）使用50 ml离心管量取1×TBE（p H 8.3）缓冲液30 ml倒入三角烧瓶中，称取0.3 g的琼脂糖粉末加入。
（3）将三角烧瓶放入微波炉里加热至琼脂糖全部熔化并刚好沸腾，戴棉手套取出三角烧瓶轻轻摇匀（不要瓶口对着自己或其他人员，不要剧烈摇晃，防止溶液喷出烫伤），摇匀后再次放入微波炉中加热至刚煮沸后拿出，此为1%琼脂糖凝胶液。(https://www.daowen.com)
（4）向冷却至50～60℃（触摸三角烧瓶壁，不烫手即可）的琼脂糖胶液中加入稀释后的GelGreen 10μl（GelGreen原液为10 000×），可使用PBS稀释后使用，如在950μl PBS中加入50μl GelGreen原液，混匀后4℃保存，轻轻摇匀后缓慢倒入制胶槽中。
（5）待凝胶完全凝固后轻轻拨出梳子，将凝胶放入电泳槽中，胶孔一侧朝向负极（黑色电极为负，红色电极为正），凝胶紧贴电泳槽一侧壁。
（6）加样：取10～20μl酶切反应后的溶液与2μl的6×Loading Buffer混匀，用微量移液器加入凝胶孔中，注意缓慢匀速，避免孔与孔之间样品污染。每加完一个样品更换新枪头后继续加入下一个反应样品，防止互相污染。最后加入相应的DNA marker。
（7）电泳：加完样后，盖上电泳槽的盖子（注意电极方向，红色接红色，黑色接黑色），接通电源。100～120 V电泳30～40 min。当溴酚蓝条带移动到距凝胶前沿1～2 cm 时，即可停止电泳。
（8）拍照：在紫外凝胶成像分析系统中观察。如需要进行目的条带的割胶回收分析，可在紫外光下用刀片切下需要回收的目的条带，使用凝胶回收试剂盒进行DNA 回收（参见本章“质粒酶切或PCR产物酶切后的纯化和割胶回收”）。