一、医学理论研究
医学理论研究主要涉及对中国古代传统医学的理论、思想以及经典文本的探讨，旨在对古代医学中相关重要问题的学术脉络进行梳理。古代医学理论主要以《黄帝内经》为核心进行讨论，认为《黄帝内经》成书年代早，大概在战国中晚期。目前研究来看，今本《黄帝内经》与《汉书·艺文志》所记载的有差异，今本《黄帝内经》是在两汉之间才逐渐形成的。同时期的文本还有《难经》《脉经》等。对于这类文本的细致考察，廖育群做了很多的工作，多年来对中医核心问题的持续思考，研究跨度大，具有代表性。廖育群对于中国医学史的研究方法与思路，深受日本学者山田庆儿的影响。《黄帝内经》是中医学基础理论体系的代表著作，普遍认为该书成于战国晚期。而廖育群[5]则提出了不同观点，通过深入考察今本《黄帝内经》的具体内容，指出今本《黄帝内经》系由《素问》《灵枢》两部著作组成，这两部独立著作均系博采兼收战国至西汉时期的医经文献而成，其成书年代当在西汉末年至东汉前期。廖育群[6]对另一部传世经典《难经》进行研究，主要探讨《难经》所述医学理论的发展变化及其与东汉时代文化的联系，包括作者与时代特征、医学理论的变化、后人所入文字的时代特征，他指出如果不对《难经》内容进行深入研究，是无法看到东汉时期医学理论变化的。历经有关两汉医学史诸多个案研究后，廖育群[7]又进行了两汉医学史的“重构”，他认为“重构”的关键是要确定传世医学经典的成书年代，为了回答这个问题，需要从文本的形成时代、文本的内容与知识构成入手，还原早期医学的面貌。他还分析了内史研究的现状，认为内史研究要有所突破，需要“精细个案研究”与“综合考察”相互结合，如果没有两者的结合，则无法看清历史的本貌。山田庆儿是日本科技史界研究医学史的代表学者之一，在中国哲学、医学发展史研究方面具有独特的见解。山田庆儿[8]通过对中国传统医学的源起、历史与理论等方面展开探讨，从而揭示传统自然哲学与科学思想所展现的思想方法，梳理并描绘出中国医学独特的概念和思考方式，不仅使之可以与其他医学体系实现对话，还可能使中医学获得新的拓展，他认为中医学的起源产生于战国时代，这一时期灸法和针法相继出现，一些医家利用这类技术创建并发展了一套全新的医学理论。
对于古代解剖学这一问题，以往有研究认为中国古代已有解剖学，但是解剖学到底在早期医学中具有多大的重要性，以及中医基础理论对解剖学的依赖程度如何，则鲜少探讨。廖育群[9]通过对《黄帝内经》中有关记载的分析，发现中医学虽在理论体系上迥异于西方近代医学，但在其重要理论的形成过程中，是与当时的解剖知识有关系的。祝亚平[10]则从内容和流传角度考察了烟萝子《内境图》这部书，这篇文章比较早[11]，作者认为烟萝子《内境图》是我国现存最早的人体解剖图，在医学史上具有重要的意义。
“四诊”是中医诊断的特色，以往对于四诊比较强调客观化和标准化，尽管中医诊断学教材中已有系统的四诊标准化论述，但是对于诊断的历史研究尚有所缺乏，张秉伦[12]与黄攸立[13]对传统医学的诊断理论展开研究，包括目诊、舌诊，两位学者对中医望诊的客观化与历史发展进行梳理和讨论，有较大的学术价值，即从科技史角度，对外在观察诊断方法的形成与多样化进行了探讨。哈佛大学栗山茂久[14]从古典希腊医学关于人体的描述和中国医师关于身体的想象这两者之间的差异入手，他认为中国人身体观念的特殊性，是由于中国医师忽略了视觉证据，并阐述中医学中视觉知识的重要性，及其与中国人身体理解之间的关系。柯资能[15]探讨了大周期理论与疾病现象的关系，这是一个新研究视角，传统医学发展到金元时期出现流派纷呈的局面，在医学流派不断争鸣的背景下，明清一些医家开始关注疾病、医家学说与大周期的关系，尝试为历代医家学说的流变提供一种合理而连贯的解释，但柯资能对这一理论及其解释有待进一步检验。