《本草经集注》中的矿物药
《神农本草经》载录矿物药50种，《集注》中共载录矿物药96种，其中玉石部70种（黑体字为《神农本草经》内容）：玉屑、玉泉、丹沙、水银、空青、曾青、白青、扁青、石胆、云母、朴消、消石、矾石、芒消、滑石、紫石英、白石英、五色石脂、青石脂、赤石脂、黄石脂、白石脂、黑石脂、太一禹余粮、禹余粮（以上上品）；金屑、银屑、雄黄、雌黄、石钟乳、殷孽、孔公孽、石脑、石流黄、磁石、凝水石、石膏、阳起石、玄石、理石、长石、绿青、铁落、铁、生铁、钢铁、铁精、铅丹（以上中品）；青琅玕、肤青、矾石、方解石、苍石、土阴孽、代赭、卤碱、戎盐、大盐、特生矾石、白垩、粉锡、锡铜镜鼻、铜弩牙、金牙、石灰、冬灰、锻灶灰、伏龙肝、东壁土、半天河、地浆（以上下品）。有名无实部26种，有：青玉、白玉髓、玉英、璧玉、合玉石、紫石华、白石华、黑石华、黄石华、厉石华、石肺、石肝、石脾、石肾、封石、陵石、碧石青、遂石、白肌石、龙石膏、五羽石、石流青、石流赤、石耆、紫加石、终石，占全部药的13%多，较《本草经》多出一倍。
《集注》对每种药均有详细注解，其中多引“仙经”内容，或与医家比较，或补医家不足。“仙经”一般包括服食与炼丹两类内容，如服食内容：玉屑，《仙经》服谷玉，有捣如米粒，乃以苦酒辈，消令如泥，亦有合为浆者。
玉泉，炼服之法，亦应依《仙经》服玉法，水屑随宜，虽曰性平，而服玉者亦多乃发热，如寒食散状。禹余粮，《仙经》服食用之。
炼丹（包括黄白）内容：丹沙，炼饵之法，备载《仙方》，最为长生之宝。水银，还复为丹，事出《仙经》。矾石，《仙经》丹饵之，丹方亦用。雄黄，炼服雄黄法，皆在《仙经》中，以铜为金，亦出《黄白术》中。雌黄，《仙经》无单服法，唯以合丹沙、雄黄共飞炼为丹耳。石流黄，《仙经》颇用之。所化奇物，并是《黄白术》及合丹法。
服食、炼丹同时出现者：金屑，《仙经》以酉盂、蜜及猪肪、牡荆、酒辈炼饵柔软，服之神仙。亦以合水银作丹沙。
由此可见，陶弘景所谓“仙经”实际上是他所参考的道书、仙经、服食、断谷等道教资料的统称，而非一部完整的书，其内容则包括服食与炼丹，今辑本引文一律加书名号是不确切的。此外，学者们对《集注》成书以前是否存在一部《名医别录》的著作有不同意见，从“仙经”这个例子或许能够得到一点启发。陶弘景所引《仙经》内容对医家药物学知识的补充可以从三个方面来说明。(https://www.daowen.com)
首先是药物性状种类及鉴别方法等。仙经中多有较医家本草更为详尽的药物性状描述，陶弘景多以仙经内容补医家之不足，如云母医家与仙经比较：《本草经》与《别录》，一名云珠，色多赤。一名云华，五色具。一名云英，色多青。一名云液，色多白。一名云砂，色青黄。一名磷石，色正白。（黑体字部分为《神农本草经》原文）《抱朴子内篇》，云母有五种，而人多不能分别也。法当举以向日，看其色，详占视之，乃可知耳。正尔于阴地视之，不见其杂色也。五色并具而多青者名云英，宜以春服之。五色并具而多赤者名云珠，宜以夏服之。五色并具而多白者名云液，宜以秋服之。五色并具而多黑者名云母，宜以冬服之。但有青黄二色者名云沙，宜以夏服之。皛皛纯白名磷石，可以四时长服之也。《集注》，案《仙经》云母乃有八种，向日视之，色青白多黑者名云母，色黄白多青名云英，色青黄多赤名云珠，如冰露乍黄乍白名云砂，黄白皛皛名云液，皎然纯白明澈名磷石，此六种并好服，而各有时月；其黯黯纯黑，有文斑斑如铁者，名云胆，色杂黑而强肥者名地涿，此二种并不可服。
比较可以看出，《本草经》笼统认为云母别名有五，自《别录》始以色别，葛洪引仙经已知5种云母详细鉴别方法，而陶弘景更引仙经识辨云母有8种之多。类似情况亦可见丹砂、空青、曾青、石胆等。
其次是药物产地。由于炼丹药物的产地要求非常严格，仙经所记产地常较医家为广，陶弘景注解时增加的产地往往不言明所据资料，但偶尔亦有透露，如丹沙（砂）条陶弘景云：世医皆别取武都仇池雄黄夹雌黄者，名为丹沙。方家亦往往俱用，此为谬矣……《仙经》亦用越沙，即出广州临漳者，此二处并好，唯须光明莹澈为佳。
第三，即药物的炮炙方法。服食与炼丹对药物的使用、炮炙等方法较之世医多有独特之处，也就是陶弘景所说的“但制御之途，小异世法”，这部分内容陶弘景补充较多，如：玉屑，《仙经》服谷玉，有捣如米粒，乃以苦酒辈，消令如泥，亦有合为浆者。金屑，《仙经》以酉盂、蜜及猪肪、牡荆、酒辈炼饵柔软。
从以上三个方面，陶弘景对一些服食炼丹经常使用的药物如丹砂、雄黄、雌黄、石胆、太一禹余粮、石硫黄等援道入医者较多，艾素珍曾对《集注》所涉及的矿物学知识有较详细的讨论，唯没有指出陶弘景的知识很多内容来自《仙经》，这一点需要注意。除此之外，陶弘景对药物的应用范围多有注明，不少一般仅用于《仙经》中，因而这部分药物知识当主要来自《仙经》，计有：空青、曾青、白青、石胆、金屑、银屑、石脑、磁石、阳起石、理石、铅丹、代赭、卤碱、紫加石等。