今本《黄帝内经》的结构分析
《素问》和《灵枢》虽然是两部独立著作，但在结构、内容上又有许多相同之处，如均由9卷81篇组成，均以黄帝与诸臣问答的方式行文，均参阅或引用了一些其他医籍等。这或许是导致皇甫谧做出判断的一些客观因素。但是，这些相同之处实际上只能反映《素问》与《灵枢》的共同时代特征，如果深入研究，反而可以发现其中的许多不同。例如，问答的关系、对象和所涉内容均有所不同。
《素问》中的问答关系涉及岐伯、鬼臾区、雷公三人，由于出现鬼臾区之名的第66至74篇是唐王冰补入的运气专论，所以实际上《素问》中仅见岐伯、雷公二人。《灵枢》涉及岐伯、伯高、少俞、少师、雷公五人。这些黄帝臣民的姓名，在《汉书·古今人表第八》中唯有岐伯一人，其依托源流难于考证。另外有23篇无问答形式。在这些“问答”关系中，有三点特别值得注意：其一，唯有雷公与黄帝的问答方式是由雷公提问，黄帝教诲医道，其余均属黄帝设问，诸臣回答；其二，诸臣讲述的医学原理有原则的不同；其三，未设问答形式的某些篇节，从内容与行文方式上表现出较为原始的简文医籍的性质，例如《灵枢》第20至26篇即是如此。这些篇节基本是以“某病，刺某处”的方式写成，因此很可能是《灵枢》成书时直接收入的某种原始医籍。另外，《素问》中未设问答形式的“大奇论”，全篇来源于战国时扁鹊的医学著作。通过问答关系的分析，将有助于弄清这两部著作的汇编源流。
1．“雷公—黄帝”问对 第一，《素问》第75至81篇和《灵枢》第10、48、49篇及第73篇的一段都属为“雷公—黄帝”问对。这些篇，在行文用语上与全书其他篇节有显著的差异。如称雷公为“细子”“黄帝坐明堂”“妇女”等，而在其他篇节中则直接以“黄帝曰”“岐伯曰”等行文，言及女性时皆为“女子”。标志着这些篇节或出自某人之手，或另有所本。
在内容方面，这些篇的第一个特点是讲人迎、寸口脉法。即以“人迎”（颈动脉）与“寸口”（手桡侧动脉）的大小对比来诊断各种疾病：“人迎大一倍于寸口，病在足少阳；一倍而躁，在手少阳。人迎二倍，病在足太阳；二倍而躁，病在手太阳。人迎三倍，病在足阳明；三倍而躁，病在手阳明。人迎四倍者，且大且数，名曰溢阳，溢阳为外格，死不治。寸口四倍者，名曰内关。”这是不同于应用较为普遍的“寸口脉法”（即根据手桡侧动脉的变化诊断疾病），以及“三部九候法”“诊尺肤”等许多脉法的一种古代诊脉方法。如将《灵枢》第48、49篇中的君臣问答等修饰之词去掉，即可还原出富有早期简帛医籍特征的口诀式“人迎寸口脉法”。而《素问》《灵枢》其他篇节在谈及“人迎寸口脉法”时，则多略而不详，且常以“故”字开头，显然只是引用或解释。
第二，经典式的经脉名称、循行、走向。《灵枢》第10篇是著名的《经脉篇》，这篇著作是在马王堆出土的医学帛书《阴阳十一脉灸经》的基础上发展而成的。其中系统论述了十二条经脉的名称、循行部位、走向、主病，并在每经之后附有与《灵枢》第48、49篇相同的人迎寸口脉法。而《素问》《灵枢》其他篇节的经脉内容，实属杂说不一。例如，《灵枢·本输》云：“六府皆出足之三阳，上合于手者也。”在《经脉篇》中，六腑之大、小肠、三焦均属手经，非足三阳。又《灵枢·根结》云：“十二经皆起于肢端，结于头、胸、腹各部。”但实际只论述了9条经脉，且走向与《经脉篇》不同。许多篇中出现的经脉名称，或是根据部位而定，或不解其意，毫无系统，与《经脉篇》有原则的区别。
第三，在医学理论上也存在着与全书不一致的地方。例如在诊法方面提到“诊有三常：问贵贱、封君、败伤”“年长求之于府、年少求之于经、年壮求之于藏”，与中医理论所认为的疾病是由浅入深的原则（简言之即皮毛→肉→脉筋→骨→髓的顺序）相悖逆。
以上几点说明雷公黄帝问对的篇节，原属一派之学，《素问》《灵枢》成书时被收入其中。黄帝与其他臣子问答的各篇也是一样，均应视为不同学派的著作。但是，为何其他各派均是黄帝问、诸臣答，唯有与雷公问对时是黄帝讲述医理？结合这些篇章的中心内容是“经脉”学说，以及较古老的一种诊断方法——人迎寸口脉法，是否可以设想这些篇章的核心内容就是《汉书·艺文志》所著录《黄帝内经》的主要内容。这样考虑的另一条原因是《汉书·艺文志》称其为《黄帝内经》，理应是以黄帝讲述医理的形式来写，而《汉书·艺文志》中的《黄帝诸子论阴阳》《黄帝杂子步引》《天老杂子阴道》等才应是采用诸臣论对的形式。(https://www.daowen.com)
2．“黄帝—伯高”问对 《灵枢》第6、14、31、32、55、56、59、64、71、77等10篇都属为“黄帝—伯高”问对。这些篇节用语特征不如“雷公”诸篇明显，但仍能看到好用“与其……与其”“及……及”联接句子的特点。
在内容方面，伯高所论的突出特点是“肠胃”。全书中有关胃肠道解剖的知识基本上仅见于这些篇节。在第31《肠胃篇》中记载了食道、胃、大小肠的长度，与近代解剖实测略等。第32《平人绝谷篇》则据此引申出一系列有关肠胃的理论问题：根据胃肠道的容积，计算人禁食的死期；根据胃肠道的解剖形态，描绘出饮食营养物的吸收途径——营、卫之行；各种食物与治疗的配合，即五谷、五菜、五畜的“宜”“禁”问题。
另外，伯高论病时所涉及的诊断方法、肌肉系统的属性等均不同于其他各篇，有着显著的差异。
3．“黄帝—少师”问对 《灵枢》第6、69、72、79等4篇都为“黄帝—少师”问对。这些篇节的最大特点是只有二分阴阳法，无其他篇节中惯见的三阴三阳理论，例如：“病在阴之阴者，刺阴之荥俞；病在阳之阳者，刺阳之合；病在阳之阴者，刺阴之经；病在阴之阳者，刺络脉。”
对于人格的划分，与伯高用五行划分不同。伯高将人划分为木、火、土、金、水五类，每类中又借用音律名称划分为五。如木形与“角”相配，则分为“上角、大角、左角、釱角、判角”。而少师则本于阴阳学说，将人分为“太阴之人、少阴之人、太阳之人、少阳之人、阴阳和平之人”五种。
4．“黄帝—少俞”问对 《灵枢》第46、50、53、63等4篇都为“黄帝—少俞”问对。与其他篇节相较，少俞答的几篇所表现出的不同之处在于将各种疾病的原因归结为先天禀赋。例如：“小骨弱肉者，善病寒热；肉不坚、腠理疏则善病风；五藏皆柔弱者善病消瘅。”“黄色薄皮弱肉者，不胜春之虚风；白色薄皮弱肉者，不胜夏之虚风；青色薄皮弱肉，不胜秋之虚风；赤色薄皮弱肉，不胜冬之虚风。”并认为人是否能够耐受痛苦、勇怯之不同等皆是由生理决定的，“勇士者，其心端直，其肝大以坚，其胆满以傍”。又说：“黑色而美骨者，耐火炳；坚肉薄皮者，不耐针石之痛。”另外，在《灵枢》中有两篇名为《五味》，一是伯高的《五味第五十六》，一是少俞的《五味论第六十三》。这两篇的不同在于，伯高所论五味是依据五行学说的配合方式，即酸入肝、苦入心、甘入脾、辛入肺、咸入肾。而少俞论五味不按五行配属，如“咸走血，多食之，令人渴；苦走骨，多食之，令人变呕”等。这种并存现象充分说明了该书的汇编性质。
通过对这些问答关系的分析，可以看出这两部著作实际上并不存在着贯彻全书的理论核心。不过是由一些不同观点、不同派别的不同著作汇集而成，在某一历史时期，由某人或某些人改编，冠之以黄帝问的形式而成书。