明清时代的《本草》
洪武元年（1368），明太祖灭元。200多年后，兴起于满洲的努尔哈赤于万历四年（1616），在赫图阿喇即位，改国号为金。后其子太宗又于崇祯九年（1634）改国号为清。持续了300年的明代终于在康熙元年（1662）灭亡，代之而起的清代出现了康熙、乾隆兴盛时期，直到辛亥革命，宣统帝退位，共持续了300年。
明代医学是宋代医学和金元医学的综合，《本草》也不例外，《证类本草》特别是《政和本草》受到重视。在明代，《大观本草》只有重修元代宗文书院的无名氏刊本，而《政和本草》有成化四年的山东本为首的众多的版本，《品汇精要》和《本草纲目》也是依此而编成。不过，自明末出现《本草纲目》以后，《证类》便被人遗忘。尤其是在清代，除光绪末年发行的柯氏本《大观本草》外，仅在顺治中用万历版合并补刻一次。
明代意欲取代《证类本草》的本草著作有两部：其一为《本草品汇精要》，其二就是《本草纲目》。
《御制本草品汇精要》，明代太医院院判刘文泰等奉孝宗之旨纂修，于弘治十八年（1505）三月三日进呈的明清唯一的敕撰本草。据御制序可知，其主旨在于删《证类》之繁，去诸家之讹，作医家实用方便的《本草》。卷数正文42卷，序目1卷。孝宗为明代第一明君，其仁政于本书也能窥见一斑。遗憾的是本书完成不久，当年五月，孝宗驾崩，此书来不及出版刊行，被秘藏于宫中，从明室传入清室。清康熙三十九年（1700），武英殿监造赫世享等人奉圣祖之旨，仿造弘治本的图录（仅是有画之页）的一部分，另由王道纯等校正弘治本文字，同时参照《本草纲目》编成补遗10卷，附上《脉诀四音举要》，题为《本草品汇精要续集》进呈。但亦未能出版。民国十二年（1923）中正殿被烧时，弘治本的原本和仿造的画录流入民间，故宫中仅遗存王道纯等人的校正本和续集。
弘治原本仿《永乐大典》的格式，取朱墨杂书形式，用楷书在朱丝栏中每半页书写8行，每行16字。每种药的开头都附有彩色药图，装帧小巧漂亮，大小仅有《永乐大典》的1／10，共36册。康熙画录比弘治本还小，仅有其2／10大小。药图和原本一样是彩图，但文字是纵长的明代印刷体，大字每半页12行，每行16字，小字双行书写。
流入民间的弘治本全卷和康熙画录13册，后归武进陶湘氏，再转北京郭葆昌，郭去世后传入香港。除此以外，罗马国家中央图书馆架藏有一部抄本，1953年意大利驻香港领事，Bertuccioli博士（汉名白佐良）曾就此做过详细报告。据说，罗马本被改装成洋装17册，于1877年藏入罗马图书馆。此前属19世纪前叶在中国传教的Bishop lodorico De Besi所有，而有关他得此书的经过不明。又第17册里有“安乐堂藏书记”印，安乐堂为康熙第22个儿子允禄的堂号。白佐良氏比较了罗马本与香港弘治本，指出两者相似，罗马本的书法和绘图稍为粗劣，但都是明代的抄本。罗马本也是楷书，所以很明显不是康熙的画录，而肯定是弘治本的仿抄本，不过年代不明。
以上所说是秘藏本，不为世人所知。民国二十六年王道纯的校正本和续集由上海商务印书馆发行，世人才知有此书存在。上海商务印书馆版没有药图，也看不出朱墨杂书的形式，但可据之略知弘治本的内容。商务印书馆本由首卷、本文、附录及续集构成。《政和本草》的序例只有一部分载在首卷和附录中，看不出旧本原貌。本文与《政和》各论28卷相同，其分类、次序都依《政和》原样，卷数增加了14卷，共计42卷。药品数目在《政和》所收的1 748种的基础上，经过新增、新分、新减后约添加67种，共计1 815种。其中新增品有十几条没有本文，如大风子、秋石等。每种药的本文（大字体）和《政和》大致相同，注释（小字体）部分全部改观，分以下24个项目记载：“名，列举别名。苗，原植物的形态、鉴识。地，产地。时，采集时月。收，阴干、暴干、贮藏法。用，药用部位、优劣。质，生药形状。色，生药的色状。味，五味。性，寒热温凉、收散缓坚软。气，厚薄、阴阳、升降。臭，腥、膻、香、臭、朽。主，药效。行，所入的经络。助，佐使药。反，畏恶。制，调整法、用法。治，有关治效的诸家之说。合治，与其他药物配用的治效。禁，禁忌（病症、体质）。代，代用品。忌，配合禁忌。解，解毒能效。赝，赝伪品及其鉴别。”
以上项目并不是所有的药物都具备，一种药大致有不过10～20个项目。旧《本草》中也能见到这些事项，但金元诸家的说法较多，因此改动的地方也不少。例如，把自古以来的属于“气”的寒热温凉改为“性”，把厚薄阴阳升降归到“气”，把所入的经络称为“行”等，这些很明显都是金元的说法。除此之外，金元之说在“治”“禁”“代”等项目中随处可见。至于其他书的引用则多见于“苗”“地”“制”“治”等项目中，省略很多，而且引自华佗、吴普、徐三才、掌禹锡、沈括、《肘后方》《博济方》等的文句都题以“别录方”，其他诸项除“合治”外大都是短文。这些变动，符合御制序提出的对《证类》删繁就简的主旨，也充实了金元的药说，从医家实用的角度来看是方便了许多。但是由于失去了旧《本草》保留古文献的特征，并不能取代《证类本草》。《品汇精要》最受注目的是其中的药图，这些美丽的彩图并不都是写生图，大多是以《政和》图为基础加以粉饰而成。
《本草纲目》，明代世医李时珍的著作。上述敕撰《品汇精要》在明清时代一直被埋没。相反，后来编成的私撰《本草纲目》却取代《证类》，而占据《本草》王座之位。
时珍，字东璧，晚年号濒湖山人。湖北蕲州人，据说祖父和父亲都是名医。时珍出生于正德十三年（1518），自幼爱读医书，成人后继承父业，为贫民治疗。编纂《纲目》时，其医名已闻于千里之外。嘉靖三十年（1554）被推荐到北京太医院，但一年后即辞任，后一度服务于楚王府，又于嘉靖四十年辞任。45年以后为采药和研究跋涉于湖北、江西、江苏一带。他学习唐慎微，致力于收集单方，向农民、渔民虚心请教，为人治疗不收报酬，而求教单方，并作记录。万历二十一年（1593）去世，终年76岁。
关于《纲目》的编撰，序例有云：“始于嘉靖壬子，终于万历戊寅，曾三易其稿。”所以大概是嘉靖三十一年（1552）35岁时着手编撰，26年后的万历六年（1578）61岁时大致完成。书虽完成，却难于出版。万历七年时珍曾去南京寻找出版者，未达到目的。据万历十八年王世贞序言云，时珍去南京弇山园拜访世贞，停留数日，以《纲目》稿本相示，请世贞为序。可以推测，胡承龙着手刊刻也在这一年，到万历二十一年出版时，时珍已去世了。他生前是否见到过成本还是个疑问。但他似乎曾有意将此书进献朝廷，并亲草遗表。因而才有二十四年次子建元疏呈刊本给神宗的事情。第二版江西本于万历三十一年（1603）发行。其后除在中国、日本多次发行出版外，还被译成英、法、德等多种语言出版，成为世界性的名著。
《纲目》虽也以《政和本草》为基础，但内容几乎全面改观。其整体结构各版本略有差异，初版的金陵本分为序目（王世贞序、辑书姓氏、药图、总目），卷一、二（序例），卷三、四（百病主治），卷五～五十二各论。序例载有《政和》之文和金元之说，后者引用较多，《政和》的原貌几乎看不出来。各论的形式和内容完全不同于《政和》。首先，药品分类和陶弘景以后的诸本一样将所有药品依自然分类，大致分成为金石、草木、鸟兽等各部，但是废除了各部内的三品分类，而采用其他方式分门别类。凡例中的“以十六部为纲，六十类为目，以各类从之”，即指此。但总目云“计一十六部、六十二类”，两者不统一。有关各种药物，先举药名和出典，然后根据内容分成释名、集解、正误、修治、气味、主治、发明、附方八项。这八项并非所有的药物里都有记载。这种分项记载的方式和《品汇精要》相同，是为了便于披阅。不过古人之文因而被节略、篡改，几乎无法辨出其原貌，由此遭到书志学者的非议。孙星衍、多纪元坚、森立之诸家都批评此书，中尾博士也认为此书无用，上海自然科学研究所里一部也未收藏。这种不信任是很自然的，这也是《纲目》无法取代《证类》的原因。不过并不能由此而全面否定《纲目》的价值。清代的本草特别受到注目的是《本草纲目拾遗》，还有虽不是本草，但作为汉药研究资料而受到重视的《植物名物图考》。
《本草纲目拾遗》，赵学敏以拾《纲目》之遗，正《纲目》之误为目的，共10卷，是清代唯一真正的《本草》。学敏，字恕轩，浙江钱塘人。其父无嗣，在京口遇奇人，经指点多行善即能得子。在江苏下砂为盐务官时施行善政，任福建永春司马时遂得学敏和昆季二子。其父为培养二人一成儒者，一成医家，幼时即教读经书、《素问》《难经》《伤寒论》等书。并在自家的养素园中设栽药圃，让学敏和昆季寝食其中。学敏博览群书，凡星历、医卜、方技有所得即抄录收集，笔记达数千卷。著书有《医林集腋》《养素园传信方》《祝田录验》《囊露集》《本草话》《串雅》《花药小名录》《升降秘要》《摄生闲览》《药性元解》《药性备考》《本草纲目拾遗》等共100卷，总名为《利济十二种》，并于乾隆三十五年（1770）自撰总序。
《拾遗》自序作于乾隆三十年（1765），同治十年（1871）张应昌的跋文指出，《利济十二种》皆未刻，嘉庆末年的传抄本仅剩此编和《串雅》两种，其他10种均已失传。而且各种药品论列颠倒错乱，层次不清，因此借杭医连翁楚珍藏的初稿本校正之。由此可推定同治本为初版。当时似乎很少流传，《四库全书》也未收录，《医籍考》也言“未见”。但光绪张绍棠本以后的《本草纲目》中，有许多是《拾遗》翻版本，还发行了单行本。(https://www.daowen.com)
《拾遗》在凡例和总目之后有“正误”，纠正《纲目》之误。各论10卷的药品分类大体与《纲目》相同，但去掉了人部，增加了花和藤2部，不分金石，共计18部。药品总数有正条品716种，附条品255种。正条品中包含有许多至今中国常用的药品，如于术、藏红花、金果榄、紫草茸、夏草冬虫、千年健、万年春、建神曲、枫果、鸡血藤胶、匕金藤、藤黄、化州橘红、胖大海、吕宋果、鸦胆子、番打马、乌金纸、龙涎香等。各种药物记载，繁简不一，除自己的主张外也有许多其他书的引文，内容涉及产地、药效、治验等方面。尤为引人注目的是起源、鉴识等有关物性的具体记载丰富。凡例云，草药类最广，因诸家之说不一，予不敢深信。《百草镜》所收最详，兹集也取一二，曾植园圃试验之，否则则省略以免欺世，可见所载都经过慎重的审核。《百草镜》为其弟昆季所撰，书中常引用之。《百草镜》虽未见传存，但由上述可知，昆季也和其兄一样精通药物。
《植物名实图考》，吴其濬著的植物书，由图考38卷，长编22卷构成。其濬，字瀹斋、号雩娄农。河南固始人，出身于历代官宦之家，祖父延瑞，父亲烜，兄长其彦均进士出身。其濬本人为嘉庆二十二年（1817）状元，授为翰林院修撰，后历任湖北、江西学政，兵部、户部侍郎，道光二十年（1840）任湖广总督，后更湖南、浙江、云南、贵州、福建等省巡抚或总督，最后于道光二十五年（1845）八月任山西巡抚兼盐政官，同年十二月因病辞任，不久去世，谥赠太子太保。
《名实图考》有著者亲眼目睹的1 714种植物图解，《长编》涉及的植物达838种，除《本草》外，还集录了诸家之说，并补充了自己的主张。其对象不仅限于药物，还涉及所有的植物。著者历任各地要员，接触到实物即写生记载下来，所以成为研究中国植物的可靠资料。E．Bretschneider很早就认识到其价值，在1870年出版的论文集的编后中就附有从此书里选择的蜀黍、粱、薯蓣等八幅图。又光绪十一年发行的张绍棠本《本草纲目》的药图，也曾据此书进行了修改。
《植物名实图考》在著者去世后的道光二十八年（1848），由陆应谷在山西省太原初次发行，接着光绪六年（1880）山西巡抚葆芝芩命山西濬文书局补刻再版。民国八年（1919）山西督军阎锡山又命山西书局补刻重印，同年由商务印书馆排版发行。商务印书馆曾在1957年再版《图考》，1959年再版《长编》，并在《图考》中附上植物名、人名、地名、书名的索引。最近，世界书局也出版了此书。在日本，明治二〇年曾由奎文堂出版《图考》和《长编》的合刊本，此版本民国四年云南图书馆曾有翻印。
除上述诸书之外，明清出现了数量繁多的《本草》，根据内容不同，大致分为以下三种。
第一，以实用为宗旨的本草。明清本草大多属于此类。《证类》和《纲目》是基本的典籍，但卷帙浩瀚，而且含有许多稀用品，医家日常阅读非常不便。因此有必要精选对于治疗极其重要的药品，编撰简明扼要记载其药效要点的《本草》。以此为主旨编撰的著作有在《纲目》以前出现的徐用诚《本草发挥》、王纶《本草集要》、汪机《本草会编》、薛己《本草约言》、陈嘉谟《本草蒙筌》等，还有在《纲目》以后出现的李中梓《本草通元》、李中立《本草原始》、倪朱谟《本草汇言》、顾元交《本草汇笺》、沈穆《本草洞筌》、汪昂《本草备要》、陈士铎《本草新编》、吴仪洛《本草从新》等。这些书的内容当然各有相异之处，但有一个共同特点就是都采纳了金元的药说。序论部分几乎载满了金元的药说，不仅如此，各论中每种药品的开头部分也有许多类似下述的列举药性的文字。如：“人参，君，味甘，气温微寒，气味俱轻，阳也，阳中微阴，无毒（《本草集要》）。人参，味甘，气温微寒，无毒，阳中微阴，可升可降（《本草约言》）。人参，味甘，气温微寒，气味俱轻，升也，阳也，阳中微阴，无毒（《本草蒙筌》）。人参，味甘微苦，气温，无毒，入肺脾二经（《本草汇言》）。”
这些相当于《证类》中的“人参，味甘微寒，微温无毒”，也就是说，轻重、阴阳、升降、入经等本来始于金元的观点，明清《本草》把它们和古来的气味一样作为基本药性。每种药的正文中，明代《本草》有些像《证类》一样列举药效，但没有药理性的说明；而清代的《本草》则几乎都以药理为主体，另外有一些关于产地、良否、修治等的记载，有关起源却论述得极少。简而言之，明初的《本草》是在宋代《本草》的基础上增加了金元的药说。随着时间的推移，宋代《本草》的影响逐渐减少，到清代几乎都随金元之说。这种变化从实用《本草》中也可窥见一斑。
第二，以药理为主的《本草》。这类《本草》特别是从明末开始出现了很多。如张三锡《本草选》、郭佩兰《本草汇》等。重视药理学说的趋势加深了对本草原典《神农本草》的关心，明末以后出现了许多以注释《本经》的形式论述药理的《本草》。明代缪希雍《神农本草经疏》成为其先驱。清代叶桂《本草经解要》、徐大椿《神农本草百种录》、张璐《本经逢原》、吴世铠《本草经疏辑要》、邹澍《本草经疏》、姜国伊《本草经释》等都属于此类。
以上诸书意欲以金元流派的药理说解释《本草经》所记的药效，这从缪希雍的自序中可见。自序中有“言其然，而不言其所以然”，表明了对旧《本草》的不满。
第三，是《神农本草》的复原本。最先着手的是明末的卢复，清代孙星衍和其弟子冯翼、顾观光、姜国伊、黄奭、王闿运等都各作有辑本。日本的森立之也继《集注本草》后，复原了《神农本草经》。
以上诸本各有千秋，就药品分类来说，卢本、顾本、姜本三者依据《本草纲目》的“神农本草经目录”，孙本、黄本、王本三者依据《证类本草》，森本则在《证类》分类的基础上加上了独自的修订。另外三品的分类诸本都与《新修本草》有很大的不同。
这些复原本的出现，当然都源于药理说流行风潮，而孙星衍、王闿运等著名儒家参与复原本的编辑，表明与考据学也有很大关系。陆心源出版《本草衍义》，柯逢时影印《大观本草》和《本草衍义》，这些与其说是药物学，还不如说是从考据学的立场撰述的。
概括地说，明初本草以《证类》特别是《政和本草》为主流，在此基础上再加进金元的药理说。明末出现《本草纲目》后，对《证类》的关心减弱，药理论极其繁荣，后又向古本草的复原发展，不久出现了重新评价《证类本草》的趋势。
如上所述，明清本草随着时间推移，金元派的色彩愈浓，和宋以前的本草性质上有很大差异，《本草纲目》《纲目拾遗》《名实图考》等自不必说，其他诸书中也载有许多重要记录，它们大多成为近世汉药研究的宝贵资料。