医学理论的变化
（1）只分尺、寸的脉诊方法：《难经》一书所采用的是寸口诊脉法，这在中医脉诊方法的发展过程中，是一个极为重要的转折点。前此，在《素问》《灵枢》等医学典籍中，可见三部九候、人迎寸口、分经候脉等多种古脉法并行，当然也有取寸口之脉进行诊候的方法存在。然而自《难经》独倡寸口诊脉法，直至今日，中医所采用的诊脉方法基本上均是此法。寸口脉法取代其他各种诊脉方法，在脉诊中雄居主导地位之势的历史，恐怕只能上溯到《难经》时代。
在《素问》《灵枢》中未见寸口脉划分尺、寸的迹象，所言“尺寸”是指诊“尺肤”与“寸口脉”相参。据杨上善所述，寸口脉分尺、寸是始于秦越人，至华佗时才有关脉：“依秦越人，寸口为阳，得地九分；尺部为阴，得地一寸，尺寸终始一寸九分，亦无关地。华佗云：尺、寸、关三部各有一寸，三部之地合有三寸。未知所言何所依据。王叔和、皇甫谧等各说不同，并有关地。”是知《难经》时代尚无“关脉”，但以尺、寸之分始于秦越人却稍有疑问，因为据王叔和《脉经》中所保存的“扁鹊脉法”内容是看不出尺、寸之分的。然这并不妨碍我们定义《难经》的诊脉方法是处在寸口无分部与完成三部划分“定式”之间的过渡阶段——尺、寸两部划分。而阴阳理论的应用与“人迎、寸口脉法”要素的移植，是实现这一过渡的基础。
“人迎、寸口脉法”与“尺、寸分部法”均是立足于阴、阳对比和上、下划分的取脉方式上。其差别不过在于“人迎、寸口脉法”取阴阳之脉的方法是在人体的上部（颈动脉）和下部（桡动脉）取两处动脉加以比较，上部为阳、下部为阴；寸口脉的尺、寸分部法则将这种方式简化与浓缩到桡动脉一处。以关骨为界，关前之寸脉属阳，取代了人迎脉；关后尺脉属阴，独揽了原寸口脉的地位。进而又将脉象法中的“真脏脉”，“人迎、寸口脉法”中的“关、格”等术语的概念转化成寸口脉法中尺、寸变化的某种表现（参见《三难》）。“关”只作为定位之界，而不是一部脉，是寸口脉贯穿阴阳理论的必要条件，对此需格外注意，否则无法把握《难经》脉诊方法的精髓所在。(https://www.daowen.com)
（2）经脉体系：《难经》在经脉体系方面与《素问》《灵枢》的主要不同，在于提出了一个明确的“奇经八脉”体系。这八条经脉的名称、走行、主病，在《素问》与《灵枢》中虽已见言及，但并无“奇经”之称，亦无“八脉”之名。有关走行、主病的描述散见于多篇之中，既零散，又无特定意义。如果没有忘记《素问》与《灵枢》诸篇既非出自一人，亦非成于一时的基本要点，则可以说在西汉以前根本没有“奇经八脉”存在。这也就是说，在《素问》《灵枢》中，这八个脉的名称不过是类似其他许多亦不属于十二正经体系的脉名一样，例如《素问·刺腰痛》在叙述了足太阳、少阳、阳明，足少阴、厥阴皆可令人腰痛，且症状各有不同之后，又列举了解脉、同阴之脉、阳维之脉、衡络之脉、会阴之脉、飞阳之脉、昌阳之脉、散脉、肉里之脉等皆能令人腰痛。其中属“奇经八脉”的“阳维之脉”并不具有什么特殊意义。而在《难经》中，“奇经八脉”被作为一个特殊的体系加以论述，其功能如同蓄积江河满溢之水的湖泊一样，能够容纳正经有余的气血：“比于圣人图设沟渠，沟渠满溢，流于深湖，故圣人不能拘通也。而人脉隆盛，入于八脉而不环周，故十二经亦不能拘之。其受邪气，畜则肿热，砭射之也。”（《二十八难》）建立这种理论的根据，如上所述，完全是比之于自然。如果读一下董仲舒《春秋繁露》等汉儒之作，或是承袭纬家说而成的萧吉《五行大义》，马上就能领悟到《难经》作者的思想是如何受到时代风尚所影响的。
《难经》论述八脉循行，起止清楚，主病明确，成为后世宗法。故杨上善注《太素》中有关内容时，皆引《八十一难》。在后世的经脉学、针灸学中，奇经八脉居于与十二正经同等重要的地位，并没有人深究这些内容在《素问》《灵枢》中的本貌如何、居于何等地位，而在《难经》中又发生了怎样的变化，总以为传统医学的理论莫不是发端于《黄帝内经》。
（3）脏腑学说：一般认为“三焦无形说”是滥觞于《难经》，对于后世影响极大。但是《难经》的“三焦无形说”尚不是真正的无形说。
中医脏腑学说的五脏、六腑、奇恒之腑等计有17个名称，其中16个沿用至今，所指仍同，唯“三焦”一名，古有而今无。考“三焦”之焦，原作“膲”，高诱注《淮南子·天文训》中之“膲”字为“肉不满”；《灵枢·根结》有“毛腠夭膲”之说等，其意均为不实之肉，这就是三焦腑的具体形质。其功能是行气、出水；位置在腹腔之中。三焦腑名称的确立，以及有关功能的描述，皆是建立在当时对于饮食精微之物如何能转输于人体、肠道中的水如何能进入膀胱的理解，尚不可能以生物化学为依据的基础之上。简言之，即认为饮食之物由口而入，通过胃肠道这一连续相通、确实可见的管腔变为糟粕排出体外，而其中的精微有用之物通过管腔外的“膲”转输周身；其中的水分亦是经管腔外的“膲”渗入到膀胱之中而成尿液。继《素问》《灵枢》之后，成书于公元72年的儒家经典《白虎通》亦曾论述五脏六腑，其中谈到：“三焦者，包络府也，水谷之道路，气之所终始也。故上焦若窍，中焦若编，下焦若渎。”比之《灵枢·营卫生会》所说“上焦如雾，中焦如沤，下焦如渎”；《灵枢·五癃津液别》所说“三焦出气，以温肌肉，充皮肤”等，基本上是一致的。而在成书不致晚于《白虎通》太多的《难经》中，三焦何以会变成“有名而无形”的呢？
《难经》中言及三焦，计有6处，其中以《三十一难》言之最详：“三焦者，水谷之道路，气之所终始也。上焦者，在心下，下膈，在胃上口，主内而不出，其治在膻中；中焦者，在胃中脘，不上不下，主腐熟水谷，其治在脐旁；下焦者，当膀胱上口，主分别清浊，主出而不内，以传导也，其治在脐下一寸。”较之《素问》《灵枢》和《白虎通》，可谓无原则性区别。《三十九难》论腑何以为五时，仍承认“三焦亦是一腑”，只不过“不属于五脏”而已。《三十八难》说“有名而无形，其经属手少阳，此外腑也”，其意仍然是宗《灵枢·本输》所说：“是六腑之所与合者。”因为言三焦为“外腑”，毕竟还是一腑，无形的是其中之气，而不是腑本身。正如杨上善注《太素》中“六腑传谷”时所说：“三焦腑传于谷气，胆腑受于谷精，三肠及胃传谷糟粕。”
有助于正确理解《难经》“三焦无形说”之最有力的证据，可举该书《二十五难》所说“心主与三焦为表里，俱有名而无形”为例。心主即心包，其有形态可循是不言而喻的，只不过因包裹于心脏之外，没有形成一个独立的器官，故谓之无形，而三焦亦同样是包裹于腹腔内其他脏器之外，其性质确与心包一样。杨上善对这一问题就说得比较明白了，他在论“心包”时说：“名手厥阴，有脉别行，无别脏形；三焦有气有脉，亦无别形，故手厥阴与手少阳以为表里。”“无别脏形”与“亦无别形”均是说没有脱离其他脏器的独立形态而已，故称之为“外腑”。
实际上，真正的“三焦无形说”是以将人体划成三段为确立条件的。这时三焦一词的概念发生了根本的转变，例如《脉经》所说：“寸主射上焦，出头及皮毛竟手；关主射中焦，腹及腰；尺主射下焦，少腹至足。”又如敦煌古医籍中的《明堂五脏论》说：“人心以上至头为上焦，心以下到脐为中焦，脐以下到足是下焦。三焦者，有名无形。”只有这种建立在将人体划分为上、中、下三段基础上的三焦无形说，才是名副其实的无形说，它已然不可能存在前述那样究竟是“无形”，还是“无独立之形”的混淆；亦不存在三焦到底是“原气”，还是“原气运行场所”的疑虑，当然也就不可能再具有任何功能了。而后世的“腔子三焦说”（虞抟、张介宾）、“胃部三焦说”（罗美）、“油膜三焦说”（唐宗海）等，均可视为是对“无形说”的反动，是在努力体会《素问》《灵枢》本意的过程中，产生的仁智不同之见而已。
（4）病候、腧穴之论：如果说《难经》一书在脉诊方面是以阴阳为总纲，那么在有关病候与腧穴的论说中则是以五行为主体。例如《四十九难》《五十难》论五脏间“邪气”的相互干扰，而有虚邪（后来者）、实邪（前来者）、贼邪（所不胜来者）、微邪（所胜来者）、正邪（自病）五种名义之用；《五十三难》《五十四难》论五脏、六腑间疾病的传变（相生或相克）；《五十六难》《五十七难》《五十八难》分别论五积、五泄、五种伤寒等，皆是按照“五”这一数字来规定某种疾病的分类。《五十六难》论述五脏之积时，以胃部为中心，配合五行方位，而有肝之积在左、心之积在上、脾之积在中、肺之积在右、肾之积在下的定位；其病因也是由于病邪依五行相克之规律传变，遇所克之脏当“王”之时，邪气不能继续向下传递而留滞成“积”。
在有关腧穴的论述中，《难经》一书实际上主要讨论的是“五俞穴”。在《素问》与《灵枢》中虽有6篇提到这种取穴方法，但未见与五行说有什么联系[3]，只是与“四时”关系极为密切，“四时—五行—五俞”间的配属关系尚未形成。但在《难经》中，不仅五俞与五行、五时（加入长夏）的配属关系完备，而且五俞各穴主病亦是按照五行关系确定的。此外，各经脉五俞穴自身由“井”到“合”是依五行相生序排列；阳经与阴经间的同名穴，按相克序排列，例如阳经井穴为金，阴经井穴为木。这种配属关系的创立早于《难经》，因其中某些内容是引自《十变》。但如此突出五俞穴的地位，则清楚地表明了《难经》作者强调五行、强调理论性取穴方法的意图。以经脉理论为基础的针灸疗法，在东汉时期才发生了融入五行说的重要转变，而且这种转变不是表面上的附会，而确确实实是以五行说为基础。所以才可能出现“井主心下满、荥主身热”等不以经脉为据的取穴理论产生。这种理论通过《难经》和《甲乙经》，流传下来直至今日，始终被看作是针灸取穴的重要指导理论。