医学制度发生变迁的成因
从清末民初中医日渐式微，到国民政府时期西医跃然强势。伴随着中医制度安排的日渐消失，以及西医逐渐掌握政策主导权，西医的制度变迁得以完成，源于以下原因。
1．中医对自身的角色误定 从1840年鸦片战争开始，社会的剧烈变化，西方文化的广泛传播，猛烈冲击着封建思想体系。特别是新文化运动“科玄论战”的影响，将资产阶级旧民主主义革命引向深入。胡适描述当时的情况称：“科学”“在国内几乎做到了无止（‘止境’之意）尊严的地位”。整个社会在对狭义观念的现代“科学”无以复加地崇拜同时，在头脑中将中医折射为代表封建落后的“玄学”，加以反对。陈独秀在《新青年》撰文，直指中医“不解人身之构造，不事药性之分析，唯知附会五行生克、寒热、阴阳之说，其术殆与矢人[17]同科”。新文化运动、科学救国运动中，西医学与物理、化学、生物学等学科一样，被看作近代科学的一个分支，获得了社会上层的认同。相反，传统中医学的疾病理论因为不符合当时的科学知识规范，被认为是以古典哲学、占星术、唯心论和庸俗经验论为基础的“旧医”和“封建医”，是与以自然科学为基础的新医学的对立物，逐渐失去了其历来的正统地位。
在整个社会都对中医持怀疑否定态度的氛围下，中医界先是在“中体西用”的思想指导下进行简单的外部比附。由于未能令人信服，又试图“损益乎古今，参酌乎中外”，采取中西医汇通的方式，同样没有获得社会的认同。最后又提出以近代科学解释中医，用“中医科学化”来发展中医。但是“科学化”的提出，恰恰是将中医置于“不科学”的假设下。如果说“科玄论战”阶段，中医还是被被动置于落后、玄虚的角色上，那么，在“中医科学化”阶段，中医则是主动放弃固有范式，要用西医的理念、方法改造自身。实际上，产生于半封闭的黄河流域农耕文化的中医和产生于开放的滨海商业文化的西医，其范式存在根本差异。两者的本体论、方法论等方面都显著不同。站在不同的范式语境下，根本无法考察中医或西医哪个更加科学。
2．中医的制度预设始终被动滞后 近代的许多医疗卫生相关法规，大部分采取从国外引进的“拿来主义”，有些甚至文字也很少修改。在国民政府卫生部成立之前，卫生管理隶属教育部、内务部，主政者并非医学背景，对中医的芥蒂未必都很深，基本持不偏不倚的立场。其历次卫生政策的出台，与传统中医的建制落后于近代行政管理体系也有很大关系。
关于中医在教育体制中的“缺位”，其实在清末颁布的“壬寅·癸卯学制”中就埋下伏笔。该“学制”中医科分医学及药学两门，医学门只有“中国医学”，没有分科和名称；药学门只有“中国药材”。造成这一局面的原因，与清末维新派引进西学、模仿和照搬日本的学制有关，也与中医本身的学制、教材建设历来严重缺失有关。所以，1904年何廉臣就呼吁：“中医开智莫若仿欧美治科学之法，先编定教科书，将中医之缺者补以西法。”1913年，北洋政府在对神州医药总会的答复中“厘订中医学校课程一节暂从缓议”的表述，也与短期内无法编订中医学课程有关。1915年，丁甘仁创办的上海中医专门学校虽获备案，但教育部在批复中也指出“本部医学专门学校规程内，亦未定有中医各科课程”。内务部则要求“俟该校课程拟定后，送部核查可也”。可见，无论是行政部门，还是中医药界，都困扰于没有比较完备的中医课程体系，这导致了中医屡次被摒弃于学制之外。
近代中医一直无法跳出抗争的思维，无法根据自身特点进行制度预设。由于中医传统的教育、临床、研究方式乃至理论体系，与现代科学模式不同，导致了中医面对学制设置、中医课程厘定、病名的统一等问题时，只能参照西医的模式和方法，是谓“中西医汇通”及“中医科学化”。但这种科学化又与中医的固有范式发生冲突，无法构建真正适合中医范式的管理、运作制度安排。
中华医学会、中华民国医药学会等组织了“医学名词审查”工作，得到教育部赞许。受此影响，中央国医馆成立后，首先组织开展了中西医统一病名工作。但由于《中央国医馆学术整理委员会统一病名建议书》中对统一病名的依据、方法、安排不合理，立即在中医内部引起一片哗然，终因意见无法统一而告吹。
3．中西医间制度安排话语权发生转移 晚清以前，中医作为中国的传统医学，处于主导地位，太医院行管理卫生之责。1908年，由于光绪和慈禧接连病逝，院使以下太医院官员全部被革职。以此为转折，中医失去了政治权力的庇护，中医的社会地位日益衰微。
辛亥革命后，中国政体发生变化，西医体系中卫生管理体制与近代化行政管理制度相配套，被逐渐纳入政府管理系统。这一方面是由于行政管理机构中部分人员对西医的认可，另一方面，也与西医和西医社团主动参与卫生行政管理有关。
1917年，当选中华医学会会长不到1年的伍连德，马上“申明宜创立中央医事行政部”，积极为在政府中设立专门的卫生行政管理部门不断奔走。1918年7月，中华医学会再次呈文教育部，请求专设医事机关。1927年，国民政府定都南京，时任中华医学会会长颜福庆又不失时机地发表《国民政府应设中央卫生部之建议》，建议卫生部“应负卫生立法与司法之职责”，并提出卫生部的组成原则、具体功能、经费预算、卫生编制、卫生行政系统结构等详尽建议。1928年11月，南京政府正式设立卫生部。随之，刘瑞恒出任次长。以后，中华医学会会长和骨干如颜福庆、林可胜、金宝善、沈克非、朱章赓等相继在卫生部、卫生署担任要职。以国民政府卫生部成立为标志，“西医在朝，中医在野”的制度变迁一旦完成，西医就完全掌握了政治话语权[18]，主导卫生政策的制定与实施。
医学期刊是反映中西医学术力量、社会影响的重要标志。据统计，近代中医期刊与西医期刊每年创办数量变化趋势大致相似，但从1928年以后，西医药期刊每年创办量开始多于中医药期刊，而且耐人寻味的是，其中有70余种西医期刊是由政府部门创办或主办的，这与中医期刊只有《国医公报》《医学杂志》等2～3种得到政府支持的状态，形成鲜明对比，充分说明了西医在政府中的地位和话语权，也使中、西医在社会中影响力差距越来越大。
4．参与防疫的成功为西医制度的跃迁提供了契机 近代中国经济崩溃，人民健康状况恶化。1840—1911年的71年间，出现较大规模传染病流行124次，全国人口锐减近8 000万。除战争和灾荒之外，传染病的蔓延也是人口减少的重要原因。所以，即使是在军阀割据的近代，无论中央还是地方政府，对事关人口数量和社会稳定的传染病的防治还是比较重视的。
清末民初的东北鼠疫防治，成为近代公共卫生的开端，奠定了西医在防治疫灾行动中的核心作用。1911年4月，鼠疫被成功扑灭后，伍连德在沈阳主持召开了中国历史上的第一次国际医学会议——国际鼠疫大会，其影响为世人瞩目。梁启超赞誉道：“科学输入垂五十年，国中能以学者资格与世界相见者，伍星联博士一人而已。”这一方面树立了西医良好的社会形象，另一方面，也推动了西医防疫制度安排的建立。
会议后迅速成立了我国最早的防疫机构北满防疫处。不久，《传染病预防条例》公布，其中列出的8种需要政府管理防治的传染疾病，从疾病名称到防治措施全部采用西医内容。1917年底，山西、绥远一带发生鼠疫后，北洋政府立即颁布了《检疫委员会设置规则》和《火车检疫规则》；1919年成立了中央防疫处。南京政府成立后，又公布了一系列有关传染病预防、环境卫生管理、食品卫生管理及接生婆管理等条例和法规，并增设中央卫生试验所、西北防疫处、蒙绥防疫处、公共卫生人员训练所及各海关检疫所等机构。这些法规、机构的建设，都是按照西医体制设置，将西医制度固化了下来。
在传染病的防治中，中医的表现则相对逊色。有鉴于1918年山西鼠疫的猛烈，阎锡山要求自己在1919年发起创办的中医改进研究会，把开展传染病的防治作为改进中医的一项重要内容。山西各地在发生“时症”（传染病）时，中医改进研究会通过详细研商，制定相应治疗方案。自1919—1928年，共接到全省时症报告84次。但研究会参与的方式仅停留在研判后，拟订提供中药治疗方案或预防措施上，很少参与现场防治特别是组织整体防疫，也没有深入开展过公共卫生活动。1928年，山西临县再次发生鼠疫，山西汾阳医院（教会医院）院长、美国医师万德生主动带领十余人深入疫区，用隔离、注射疫苗、灭鼠的方法控制了疫情。1931年10月山西、陕西交界第四次发生鼠疫后，由孔祥熙提议，内政部直接任命万德生为“山西陕西防疫主任”，组织鼠疫防治，并要求“经过各县妥为保护，有关各机关协助一切”。后由于防治成功，当地百姓给万德生及汾阳医院送了“万民伞”。与此同时，中医改进研究会也退出了山西的传染病防治。至此，西医在传染病防治中的地位从政府、高官到民众都树立起来，中医的作用被远远超越了，即使在深得行政长官阎锡山扶持的山西也概莫能外。
5．路径依赖加剧了西医对中医的排斥 伴随西医逐渐掌握政治话语权，进入制度安排，西医开始体现出对制度的“路径依赖”，天然地要干预和排斥中医的发展。卫生部成立后，中医行政管理机构的缺失引起了中医界的高度警觉，中央国医馆成立的初衷就是承担中医界建立一级政府机关的使命。1933年中央制定“国医馆条例”，要求行政院划分国医国药拨归国医馆管理，西医西药归卫生署管理。但此时权柄已由西医执掌，卧榻之侧，岂容他人鼾睡？中华医学会认为“所谓国医，又绝无攻究科学之根底，其不利于我国医学之前途”，派出牛惠生、颜福庆为代表，谒见行政院汪精卫院长。随后携带呈文及汪精卫手书，面见立法院孙（科）院长，呈请对条例驳斥。最终导致该建议没能被采纳，中央国医馆成为一个“半官半民”的学术组织。于是，“从中央到地方各级政府所办的卫生机关一直没有中医参加过工作”。
1936年初，国民党中央政治会议批复：“中医归卫生署管理，但卫生署内应设中医之主管部门”。但卫生署在立法院审核之前，便迅速公布了“审查规则”，试图攫取中医的管理权。中医界随后又组织了18个省市的代表120余人，要求在卫生署内设中医副署长，也未实现。几经反复，虽然最后又增设了中医委员会，但“作用乏善可陈”，中医的行政地位未有根本改变。