各学派的主要著作及其版本
魏晋南北朝时期玄学与反玄学的思想方面的资料有：王弼的《老子注》《老子指略》《周易注》《周易略例》《论语释疑》等。这些著作代表了玄学主流派的思想，以宣传“以无为本”为宗旨。《老子注》共二卷，有《四部备要》本、《百子全书》本、《丛书集成初编》本、《诸子集成》本等。《老子指略》已经佚失，根据近人王维城考证，宋张君房编辑的《云笈七签》卷一中的《老子指归略例》和《道藏》998册中的《老子微旨例略》，可能就是王弼《老子指略》的一部分，也可能是全文（见北京大学《国学季刊》七卷三期）。王弼的《周易注》只为六十四卦作注，共六卷。后来，西晋韩康伯续为《易传》作注三卷，再加上《周易略例》一卷，就是现在通行的十卷本。此书有《四部丛刊》《四部备要》本。其中王弼和韩康伯的注文被唐孔颖达收入《五经正义》，作为《周易》的标准注解，后又编入清阮元《十三经注疏》。王弼的《论语释疑》已经佚失，清马国翰《玉函山房辑佚书》和清王仁俊《玉函山房辑佚书续编》稿本各有辑本。
阮籍的文章被编入其论文集，称《阮步兵集》，一卷。清严可均《全三国文》中有辑本。
嵇康的文章被编入《嵇康集》，也称《嵇中散集》，十卷。清严可均《全三国文》中有辑本。鲁迅校本由文学古籍出版社于1956年出版。
向秀、郭象的《庄子注》是玄学“自生派”的基本理论著作，以反对“贵无”和“崇有”为宗旨。
关于《庄子注》的作者问题，历来就有争论，大致有三种看法：以侯外庐先生为代表的一派认为，《庄子注》是向秀的作品，后为郭象窃为己注，其史料根据是《晋书》的《郭象传》和《向秀传》。以冯友兰先生为代表的一派认为，郭象的《庄子注》不是抄自向秀注，其史实根据是《晋书》二传中有自相矛盾之处，并引用《列子》张湛注和《经典释文》作佐证。还有一派认为，现在的《庄子注》是向秀和郭象的共同作品。这一派的史料根据是《世说新语》《经典释文》等。
《庄子注》，十卷。现在通行的是1954年重印的《诸子集成》本。
裴
的《崇有论》、欧阳建的《言尽意论》和杨泉的《物理论》等都是反玄学思想的理论著作。《崇有论》和《言尽意论》收入《晋书》的各自本传中，两文也都被辑入清严可均《全晋文》。此外，还有几种单行的本子。《物理论》在南宋以后就失传了。但在唐马总的《意林》和宋初编辑的《太平御览》等书中都有引录。清王仁俊辑的《物理论》较准确，是为《玉函山房辑佚书续编》稿本。
还要提到佛教方面的资料。僧肇的《不真空论》和《物不迁论》是般若学六家七宗带有总结性的著作，编入《肇论》（见《大藏经》卷四五）。其著作的版本，除《藏经》本、《大藏经》本外，还有上海佛学书局影印宋本《肇论中吴集解》本，人民出版社1973年版任继愈《汉唐佛教思想论集》附录本。
僧祐的《弘明集》，共十四卷。这是一部论文集，以弘扬佛教为宗旨，收录了书启问答共一百二十余篇，其中也收了范缜的《神灭论》等文章。这是研究神灭与神不灭之争的重要史料。
《弘明集》的版本有单刻本和《藏经》本各四种。另有《四部丛刊》本等。
关于道教方面的资料，有《太平经》（两汉未列专章，特在此介绍）。据《后汉书·李寻传》《后汉书·襄楷传》《道教义枢·七部义》等书的记载，两汉时曾先后流传过三种《太平经》，后来都已佚失。明《正统道藏》所收的《太平经》，约成书于东汉中后期，原为一百七十卷，现残存五十七卷，旧题东汉于吉著。另有唐闾丘方远编纂的《太平经钞》和《太平经圣君秘旨》。《太平经钞》是《太平经》的节书，分为甲乙丙丁戊己庚辛壬癸十部，每部一卷，共十卷。《太平经圣君秘旨》是《太平经》的专题选辑。此外，伦敦大英博物院图书馆藏敦煌写经4226号，残存《太平经》的序文后半、全书目录以及“经曰”“纬曰”各一卷，末题“太平部卷第二”。
《太平经》收入《道藏》第七三至一一五册（其中有缺），现存唯一的版本，就是明《正统道藏》本。当代学者王明有《太平经合校》。
东晋葛洪的《抱朴子》，分内篇与外篇。《内篇》二十卷，主要论述神仙方术、养生延年。收入《道藏》第八六八至八七〇册，今有王明《抱朴子内篇校释》，中华书局1980年排印本。《外篇》五十卷，主要内容是以复兴儒学为宗旨，把道教的神仙理论与儒学的纲常名教结合起来，反映了作者的内神仙而外儒术的学术观点。
《抱朴子》的版本较多，有《四部备要》本、《诸子集成》本等。
关于这个时期无神论者方面的资料，有戴逵的《释疑论》和《答周居士难释疑论》，这是批评佛教因果报应论的著作，收入《广弘明集》卷二十。清严可均《全晋文》也有辑本。何承天的《答宗居士书》《与宗居士书》《达性论》《答颜光禄》《重答颜光禄》《报应问》等文，是他三次反佛的理论总结。这些文章分别收入《弘明集》卷三、卷四，《广弘明集》卷二十。清严可均《全宋文》有辑本。范缜的《神灭论》，除收入《梁书·范缜传》、《弘明集》卷九以外，清严可均《全梁文》有辑本。