朱熹的存理灭欲思想
朱熹认为，恶在人身上的具体表现就是“人欲”。他说：“众人物欲昏蔽，便是恶底心，及其复也，然后本然之善心可见。”（《朱子语类》卷七十一）所谓“恶底心”，就是善心的对立面。恻隐同情心是善的，杀人放火，便成为至恶了；超乎节度的情，也属于恶的心，它表现为人的“嗜欲”，也就是过分追求欲望的满足。他不完全赞同二程关于“道心”天理、“人心”私欲的观点，认为“人心”不完全等同于私欲，人们对物质生活的正当要求和正常的生理需要，都是天理，“若是饥而欲食，渴而欲饮，则此欲亦岂能无”（《朱子语类》卷九十四）。他讽刺佛教禁欲主义：“终日吃饭，却道不曾咬著一粒米；满身著衣，却道不曾挂著一条丝。”（《朱子语类》卷一百二十六）。在这个问题上，朱熹比张载、二程的理论都进一步深化了。他形象地区别了人的正常生活需求和“人欲”的关系，当有人问道“饮食之间，孰为天理，孰为人欲”时，他回答道：“饮食者，天理也；要求美味，人欲也。”（《朱子语类》卷十三）也就是说，凡是超过节度的、无休止的欲望，就是“人欲”；反之，只要在道德规范范围内的要求和需要，都是天理。
朱熹不同意二程把天理、人欲截然对立开来的观点，他认为二者既对立，又相互依存。“有个天理，便有个人欲。盖缘这个天理，须有个安顿处，才安顿得不恰好，便会有人欲出来。”（同上）并说：“人欲中自有天理。”（同上）但是，理欲之间，对立是主要的，占主导地位的，朱熹反复强调的也正是这一点，“天理人欲，不容并立”（《孟子集注·滕文公上》）。如果用“是非”作为衡量理欲的标准，那么“是”则为天理，“非”则为人欲。理欲之间的相互关系是一方吃掉一方、淹没一方、战胜一方的关系：“人只有个天理人欲，此胜则彼退，彼胜则此退，无中立不进退之理，凡人不进便退也”（《朱子语类》卷十三）；“天理存则人欲亡，人欲胜则天理灭”（同上）。要完善自身的道德，必须“穷天理，灭人欲”。
穷理灭欲的途径也是格物致知与克己复礼的过程。朱熹关于格物致知的理论比二程更加细密。他解释格物致知说：“格，至也；物，犹事也。穷至事物之理，欲其极处无不到也。”（《大学章句》）格物即接近、接触和直接了解社会事务和自然万物，穷尽事物中的天理，达到物理的至极至尽处，使物中之理完全被感知、被体认。他又说：“致，推极也。知犹识也。推极吾之知识，欲其所知无不尽也。”致知即充分运用自我的认识能力，达到体认天理蕴奥的最终目的。格物致知的整个过程，朱熹所作的《大学》“格物致知”章讲得最明白，格物致知有三个步骤：第一步是“即物”，也就是接触、参与事物；第二步是“因其已知之理而益穷之”，运用自我认识能力和已体认的天理作进一步扩展，达到对天理的完整认识；第三步是“豁然贯通”，这是一个认识逐渐积累，由量变到质变的认识阶段，达到这一阶段，天下万物及我心之理都认识得清清楚楚。
朱熹说，每一物都有理，格物穷理，如果在事事物物上都要格过一番，那将不胜其烦。更何况即使穷尽草木器用之理，也达不到豁然贯通、一悟百悟的境地。他主张格物也有先后缓急之序，要人们首先明人伦，讲圣言，求世故，进行道德践履与体验。这点与张载的“穷理尽性”说和二程的“格物穷理”说是一致的，也是理学的共同特点，即认识论与道德修养论分不开。
如果说格物致知还具有哲学认识论的意义，那么克己复礼论则完全是道德修养论。朱熹也是通过解说《论语·颜渊》“颜渊问仁”一章而阐述其克己复礼论的。他认为克己就是灭除私欲，复礼就是使自身的言行完全合乎“礼”的规则。“礼”是沟通主观自我与客观天理的媒介。天理虽然寓于人心，并转化为人性，但任何人都无法使自我意识直接认知内心之理，只有借助天理的外在表现形式——礼，才能达到这一目的。所以道德实践——对礼仪规则的自觉遵奉——便成了通达天理的唯一途径。克己灭欲，回归天理的关键在于自我，恪守礼教的道德践履完全是自觉自愿的事。
人们在穷理灭欲、格物致知的道德践履中，不仅言行要符合封建道德条规的要求，内心也要保持一种稳定的心态——“敬”。朱熹提出“持敬”说作为其道德修养论的“涵养工夫”。“持敬”首先要使自身外貌风度得到整肃，排除杂念。他说：“持敬之说，不必多言，但熟味整齐严肃，严威俨恪，动容貌，整思虑，正衣冠，尊瞻视此等数语，而实加功焉。”（《朱子大全》卷四十五）外貌与内心都要做到表里如一的整齐严肃。更重要的是，持敬须“主一”，即精神专注于一，而不要有所游移。此外，持敬还要做到“出门如见大宾，使民如承大祭”，待人接物，恭恭敬敬，畏畏谨谨，收敛身心，毫不放纵自己。
朱熹对周敦颐、张载、程颢、程颐、邵雍的思想都作了总结和改造，从他们的体系中吸吮了大量的思想养料，又用佛教与道教的思辨哲学充实自己的体系，所以朱熹是理学的一个集大成者。其思想，代表了理学的典型和成熟形态，在当时和后世都产生了巨大的影响。其著作《四书集注》成为封建社会知识启蒙开科取士的必读书，具有与“五经”同等重要的地位，其理论和观点成为知识界判断是非正误的标准。