二、疾病的内因
引起疾病发生的内因，一般是指机体的防御功能降低，机体的遗传性和反应特性的异常等，可直接引起疾病或促进疾病的发生。
(一)机体的防御免疫功能降低
1.屏障结构破坏及功能障碍 健康动物的皮肤，黏膜有机械性阻止病原微生物侵入机体内的作用;皮肤角质层不断脱落更新，有助于清除皮肤表面的微生物;皮脂腺及汗腺分泌的酸性物质有抑菌与杀菌作用;黏膜分泌的黏液及其中的酶，有冲淡和破坏病原微生物的功能;淋巴结可将进入体内的病原微生物及某些异物加以滞留，防止其扩散蔓延;由脑软膜、脉络膜、室管膜及脑血管内皮所组成的血脑屏障，能阻止某些细菌、毒素以及大分子的有害物质进入脑组织内;孕畜的胎盘屏障可阻止母体内某些细菌、有害物质等通过绒毛膜进入胎儿血液循环，对胎儿起保护作用。当上述各种屏障结构与功能受到破坏时，就容易发生感染，病原微生物容易在体内扩散蔓延。
2.吞噬和杀灭功能降低 广泛存在于机体内各器官组织中的单核巨噬细胞系统，是机体内具有较强吞噬与防御能力的细胞系统。它们能吞噬侵入体内的病菌、异物颗粒及衰老的细胞，并以胞浆内的溶酶体中所含的各种水解酶，将吞噬物破坏、溶解、消化。此外，血液中的嗜中性粒细胞也起着极重要的防御作用，能吞噬细菌、细胞碎片以及抗原抗体复合物等，并以其胞浆内溶酶体中的各种水解酶、过氧化物酶、溶菌酶将吞噬物破坏、溶解、消化。嗜酸性粒细胞能吞噬抗原抗体复合物，并通过溶酶体酶(过氧化物酶、酸性磷酸酶)的消化、分解作用，减弱其有害作用。再者，胃液、唾液、泪液以及血清中都含有破坏与杀灭病原微生物的物质。当机体内的这些吞噬和杀菌功能减弱时，就容易发生某些感染性疾病。
3.解毒功能障碍 肝脏是机体的主要解毒器官，从肠道吸收来的各种毒性物质，随血液运转到肝脏，在肝细胞内可通过氧化、还原、甲基化、乙酰化、脱氨基以及形成硫酸酯或葡萄糖醛酸酯等方式予以分解、转化或结合成为无毒物质而排出体外。肾脏也可借脱氨基、结合等方式，使某些毒物解毒。因此，在肝功能不全或肝脏组织结构发生破坏时，其解毒功能发生障碍，则使机体发生中毒性疾病。
4.排出功能减退 消化道的呕吐、腹泻，呼吸道黏膜上皮的纤毛运动、咳嗽、喷嚏，肾脏的泌尿等，都可将各种有害物质排出体外。若机体的这些排出过程受阻，则体内有害物质不能及时排出，以致发生相应的疾病。
5.特异性免疫反应异常 特异性免疫反应包括细胞免疫和体液免疫两种。在特异性抗原刺激下，以T淋巴细胞活动为主，产生致敏淋巴细胞的免疫反应，称为细胞免疫;以B淋巴细胞活动为主，产生特异性抗体的免疫反应，称为体液免疫。这两种免疫功能降低时，容易发生病毒、真菌和某些细胞内寄生菌的感染，并且还易发生恶性肿瘤。
(二)机体的反应性改变
机体的反应性是指机体对各种刺激发生反应的特性。它对疾病的发生及其表现形式有重要影响。机体反应性不同，对外界致病因素的抵抗力和感受性也不同。
1.种属反应性 不同种属的动物，对同一致病因素的反应性常不一样。例如，马不感染牛瘟病毒，牛不感染马鼻疽杆菌;雏鸭对黄曲霉毒素很敏感，羊对黄曲霉毒素则有较强的抵抗力。
2.个体反应性 不同个体由于营养状况、抵抗力等的不同，对外界致病因素的反应性也不一样。如同一畜群发生某种传染病时，有的病重，有的病轻，有的病死，有的体内带菌或带毒而不呈现临床症状。
3.年龄反应性 幼龄动物的防御屏障及免疫功能均发育不完善，容易患消化道和呼吸道疾病，并且病情比较严重。成年动物的各方面功能发育完善，故抵抗力较强。如成年鸡对马立克病病毒感染的抵抗力比1日龄雏鸡大1000～10000倍。老龄动物因各种功能逐渐衰退，因此又易患病，一旦感染往往病情较重，损伤组织也不易修复。
4.性别反应性 机体性别不同，某些组织器官结构不一样，内分泌激素有差异，对同一病原因素的反应也有不同表现。如畜禽白血病的发病率，雌性高于雄性。
总之，机体反应性不同，抗病力不一样。机体反应性改变，可能促进疾病的发生、发展，也可能阻止疾病的发生、发展。例如，机体致敏后再接触同一致敏原时，容易发生过敏性休克，甚至导致死亡。然而人们却又利用免疫接种方法改变机体的反应性，阻止疾病的发生。