政府会计制度在单位实施过程中存在的问题
（一）财务管理规章制度不完善，落实不到位
首先，许多行政单位内部财务制度并不完善或者形同虚设，最典型的问题是部门内部常常岗位混乱，会计、出纳、审核一人身兼多职，存在严重的财务管理漏洞，风险极大，不符合制度要求，也给违法乱纪人员以可乘之机，导致贪污腐败问题的发生。
其次，财务管理的权力制约机制缺乏，“三重一大”制度落实不到位。很多单位规定由副职分管财务工作，但实际工作中往往权力过度集中而监管缺失，容易造成财务管理风险。
最后，很多单位对财务收支缺乏合理预算，收支不均，经常出现资金无定额支出、经费使用互相挤占等问题，影响资金的使用效率，缺乏一套统一的监管标准。
（二）行政单位资产管理难度增加
固定资产管理与财务管理脱节。大部分行政单位只有粗略的固定资产管理制度，缺少实施细则和统一的规范要求，使单位的资产与财务管理结合不紧，固定资产管理职责不明确，且缺乏有效的约束机制。很多单位没有专门的资产台账管理人员，固定资产管理责任不明确，存在互相推诿的现象。固定资产盘点缺乏监督或根本没有实际盘点，尤其是一些办公室固定资产，日常都是由使用人保管，更换使用人没有交接手续，更换设备没有报废手续，导致固定资产使用效益低下，账实不符，严重影响了单位正常的会计核算工作。
（三）财务预算编制不完善
很多行政单位财务预算对于资金用途没有详细的计划，各部门缺乏沟通，导致资金预算不准确，实际支出出现问题。尽管新会计制度对预算编制提出更高要求，但依然存在着如下问题：
（1）预算编制方法不科学。很多行政单位采用增量预算法，每年在过去项目基础上增加资金预算，这个方法能减少财务人员的工作量，又能让单位获得更加充裕的经费。但增量预算却容易导致预算中的一些不合理项目长期存在，预算体量逐年增加，造成资源的浪费。
（2）预算编制标准不严格。由于专业知识限制，单位在项目预算上缺乏科学参考，容易被施工方和社会机构影响，导致项目预算的资金不合理增加，损害国家利益。
（四）缺乏完善的内控机制
目前，行政单位内控问题，首先是缺乏内部控制意识。很多单位的内部控制制度落实不到位，管理者重视程度不够，难以发挥作用。其次是内控机制缺乏有效的内外部监管。单位内部设立的审计部门往往缺乏独立性，由其他部门兼职，有效性大打折扣。行政单位也缺乏规范的内控考评机制，导致单位领导和职工重视程度不高，监管意识淡薄。
（五）财务管理人员的专业素养不足
财务管理人员专业素养是影响财务管理水平的关键因素。随着政府会计制度的改革，行政单位财务管理工作对人才的专业性、学习能力要求越来越高，但现在的问题是，工作经验丰富的财务人员年龄普遍较大，思维和工作方式固化，缺少学习和应用新技术的能力；而年轻的财务人员学习能力强，对新工作方式接受度高，但缺少工作经验，两种人员交接过程中可能会影响行政单位财务工作效率，最终影响行政单位各项工作的质量。由于内部调动和编制限制，很多财务工作人员来自非财务相关专业，专业敏感度不高，工作不严谨，对财务会计的质量有负面影响。目前，还有很多行政单位财务人员缺乏风险意识，导致单位项目收支、固定资产处置上出现损失。
（六）财务管理信息化建设落后
随着现代社会信息化和大数据技术的发展，很多公共服务实现了线上实施，行政单位财务管理也涉及海量信息数据。新会计制度提高了账务处理的信息化程度，财务管理也必须建立起完善的信息化体系。但实际工作中，大部分行政单位强调的信息化建设，还局限在会计信息、统计和会计电算化方面，已经不能满足行政单位需求。行政单位也没有建立科学有效的财务信息化管理系统，存在巨大的地域差异、部门差异，很多办公系统实用性不强、利用率差，不能保证正常业务进行。财务管理信息化缺乏专业人才，这也是限制其发展的主要因素。