科研课题项目核算存在的主要问题
众所周知，科研事业单位以承担国家及各级政府下达的科研项目为主，横向科研课题为辅。科研项目经费包括纵向科研经费、横向科研经费和自筹配套科研经费。纵向科研经费（财政科研经费）是指通过科研课题项目申报、主管部门批准立项、独立或联合承担的，从中央和各级政府部门获取的财政科技计划（专项、基金）等经费拨款（包括中央财政科技计划安排的专项资金，如国家自然科学基金、国家重点基础研究发展计划、公益性行业科研专项等；地方财政科技计划安排专项资金，如省级科技计划项目、科技攻关计划项目、市级科技攻关计划项目等）。横向科研经费（非财政科研专项经费）是指以市场委托方式取得的科研课题协作、科技咨询服务等收入以及国际科技合作项目及境外企事业的合作经费，纳入本单位财务统一管理，按委托方的要求或合同的约定管理使用。会计处理上，无论纵向项目，还是横向项目，均需对每一项目设立专账，专款专用，清晰地核算每个项目的收支结转结余。这不仅是对科研课题项目负责人的管理要求，也是科研项目经费管理的需要。所以，科研课题必须设立项目辅助核算。科研事业单位因其行业的特殊性，在新的政府会计制度下，项目核算体系仍存在一些问题，导致新制度不能很好地体现行业的特殊性，科研事业单位提供的科研课题项目信息不完全准确，不利于单位领导管理本单位的业务活动情况，也不利于外部会计信息使用者据以做出正确的判断。主要体现在：
一是项目负责人大多是没有财务背景知识的科研人员，在查询经费时一头雾水，在使用经费时手足无措，无论新旧制度，对科研项目核算都很难让非会计人员一看就懂，需要财务人员进行反复解释，造成矛盾，不利于高效开展工作。
二是新政府会计制度启用前，科研事业单位执行的是科研事业单位会计制度，该制度要求按收付实现制处理业务，对每一个项目按代码名称、性质建立辅助核算，收到科研经费时计入“预收账款”，发生支出则计入“科研支出”，然后以支定收。查询时，在科研项目库找到该代码，以预收账款减去支出（也即收入）即可确定尚未使用的课题经费余额。在新政府会计制度中，科研人员申报项目中期或结题验收时，科研课题项目报告与会计账项目明细核算取数口径产生4种差异：
第一种，计提项目管理费和间接费用影响的差异。
预算会计实行收付实现制，收到项目经费时计入“科研收入”，涉及货币资金的支出计入“事业支出-科研支出”，而计提的项目管理费和间接费用，借记“非财政拨款结转-项目管理费或间接费用”，贷记“非财政拨款结余-项目管理费或间接费用”，也就是说，计提的项目管理费和间接费用因现金收付制限制未能当期确认支出，不通过科研支出核算，则在科研支出中少了一块管理费用或间接费用的成本。而科研人员申报项目中期验收或课题结题验收时，按申报规定是需要将项目管理费或间接费用列入项目支出中的，这样就产生预算会计账和科研课题项目报告取数口径不一致。
第二种，内部检测业务成本核算产生的差异。
具有内部检测资质的单位能够承接本单位的检测业务，这样的结果是部分项目需要的检测成本，如果是按内部成本核算的话，并不形成真正的收支。也就是说，在预算会计中，是不会按外部成本金额列支到科研支出中去的。这样造成实际支出与科研项目申报表或项目预算取数口径的不一致。所以，在预算会计中，直接查询科研收入和科研支出是无法得到完整的科研项目数据的。
第三种，科研课题中购买科研实验设备时核算差异。
计提项目管理费、间接费用影响的差异和内部检测业务成本核算产生的差异，这两个差异是预算会计产生的差异，在财务会计中按权责发生制是基本符合的。财务会计下，计提项目管理费时，借记“业务活动费用-科研活动费用-项目管理费或间接费用”，贷记“预提费用-项目管理费或间接费用”；内部成本核算这方面的业务，借记“业务活动费用-科研活动费用-测试分析化验费用”等，这样，业务活动费用下的科研活动费用，基本上就可以归集完某个科研项目的所有费用。但在财务会计核算基础下，科研项目辅助核算也不完全。在权责发生制下，课题经费购买科研实验设备或无形资产时，借记“固定资产”“无形资产”，贷记“银行存款”等，然后每月以折旧或摊销的方式进入成本，即科研事业单位需要将折旧和摊销计入“单位管理费用”或“业务活动费用”，事业单位的运行成本自然能够更准确地反映。然而，目前的科研项目验收申报，要求在申报时直接将设备购置费一次性全额列支出，所以，按财务会计的权责发生制预收账款，减去科研支出科目无法得到完整的数据。在对项目进行验收时面临着一个问题，即对每一个科研课题项目，仍需要进行数据的再次加工和调整，在现有的核算方式下，无法直接从账上直观地反映每一个科研项目的收支余额，必须重新加以调整和整理才能得到真实完整的数据。如果一个单位科研项目较多时，工作量还是很大的。
第四种，科研项目购买的固定资产折旧问题带来的差异。
财务会计中的固定资产累计折旧如何准确地在每一个科研课题项目中分摊？新政府会计制度颁布后，明确了科研事业单位通过固定资产的折旧费用项目来解决科研项目中设备折旧问题，旨在真实反映科研事业单位的固定资产折旧，以精准地对科研事业单位财务报告情况，以便进行有效的科学分类与规范核算。2019年起实施的政府会计制度，将行政事业单位固定资产由虚提折旧（计提固定资产折旧冲减非流动资产基金）改为实提折旧（将折旧计入当期费用），有利于会计主体进行成本核算。我们都知道，科研单位的绝大部分专用设备是动用科研课题项目经费购置的，一般而言，购置设备的折旧费应该按一定的方法分配到每一个科研课题项目中去，但实际工作中却面临着巨大的困难。首先，目前在用设备可能是前期已验收的项目购置的，但项目已结题，无法在原有项目列支折旧费；其次，课题经费中所购入的设备，折旧年限和项目期限绝大部分不一致，项目结束后，折旧费用分配无课题项目承担。科研课题项目比较多的单位，固定资产数量巨大，更无法准确地将折旧分摊到相关科研项目上。
综上所述，计提项目管理费、间接费用影响的差异和内部检测业务成本核算产生的差异，这两个差异是预算会计的差异，在财务会计中的差异是课题中购买科研实验设备或无形资产及日后的折旧和摊销。按照新政府会计制度，我们核算科研课题项目的成本，均无法直观地从预算会计或财务会计账中取到真实开支数据。