行政事业单位内部控制体系建设存在的主要问题
近年来，我国行政事业单位在内部控制建设方面虽取得了一定成绩，但仍存在着观念淡薄、制度不健全、执行监督弱等现实问题，具体如下：
（一）内部控制意识不强，缺乏建设主动性
由于行政事业单位为非营利性组织，多数单位内部控制意识不强，认识不到内部控制建设实施的重要性和必要性，不知道“什么是内部控制”“内部控制控制什么”，认为内部控制可有可无，内部控制就是找麻烦、就是增加工作量，甚至将效率作为弱化或逾越内控的理由，不会像企业受利益最大化驱使，为追求最大盈利、降低经营风险积极主动地接触和实施内部控制体系建设，而是缺乏内部控制建设和实施的主观能动性。
（二）对内部控制认识不全面，缺乏建设全局性
部分行政事业单位人员对内部控制认识还不够全面，认为内部控制就是财务控制，就是财务部门的事情，就应该是财务部门自己去实施，认为搞好了财务控制就是做好了内部控制，没有认识到内部控制体系建设是一个全面系统的工程，是“一把手”工程，是顶层设计，强调的是在“一把手”领导下，全员共同参与，人人有责，从而导致行政事业单位内部控制建设工作缺乏系统性、全局性，内部控制存在业务不全、环节脱节和风险失控等现象。
（三）已建立的内部控制体系不健全，缺乏建设的全面性
由于认识上的局限性，造成内部控制体系建设时，主要侧重于业务层面或业务某个方面的建设，将整个内部控制体系建设的重点仅放在了财务收支、政府采购等财务控制上，并没有全盘考虑全部经济活动环节和部分，如合同管理、资产管理等非货币性实物，制度设计时也没有贯穿权力运行的全过程，重结果、轻过程，没有全面梳理业务流程和排查业务风险，风险评估不到位，风险防控安全性低；更重要的是，忽略了单位层面建设，对组织架构设置、岗位职责分工、权力运行监督制约、文化氛围的培育等考虑不足，甚至不愿去完善，从而造成内部控制顶层设计不到位，内控体系建设不全面。
（四）评价监督机制不强，缺乏执行强制性
一般内部控制体系建成后，就应该按照内部控制的要求，在日常业务活动中认真贯彻落实。但多数单位还存在“重建立、轻执行”的情况，不愿主动对照内控要求开展工作，而是怕麻烦、一味沿用老习惯、老做法，再加上多数行政事业单位没有设置内部审计部门，本身评价监督机制不健全，在实际工作中也不注意运用监督检查工作等监管方式，并且监督评价工作也基本属于应付式的，不具有实际意义，因而也不可能对内控制度适时修订更新，更不可能完全纠正执行偏差，从而造成要么制度本身设计不合理，不具有可操作性，要么就是缺乏保证制度执行的监督制约机制，让内部制度成为“墙上摆设”和“一纸空文”，内控系统形同虚设，难以有效执行。