中国共产党一元化领导与军队和地方关系的协调
中共中央“九一决定”发出后，中共中央军委首先教育广大指战员尤其是党员干部增强对党的一元化领导的必要性和重要性的认识，强调军队干部要认识党政军民关系不协调，在一般情况下军队干部应负主要责任，养成服从党的领导、拥护政府、爱护人民群众的优良作风。
遵照中央决定精神，各抗日根据地逐步撤销了军政党委员会和军政委员会，建立了党政军一元化领导。各部队选调既懂作战又懂党政工作的同志参加了地方各级党委的工作。凡是军区、军分区政治委员兼任区委、地委书记的，均配备了副政治委员，专管军队政治工作。对由区委、地委书记兼任军区、军分区政治委员的，则要求部队积极予以支持，服从领导，使其有职有权。[62]
1.西北地区。在中央“九一决定”发布之前，中共中央和中央军委已经为加强西北局对边区党政军民学等的全面领导做了许多准备工作，1942年5月13日，为了统一晋西北与陕甘宁两个区域的军事指挥，中共中央军委决定在延安设立陕甘宁晋绥联防军司令部，以统一两个地区的作战行动与建军工作，以贺龙为联防军司令员，徐向前为副司令员兼参谋长，关向应为政治委员，林枫为副政委。6月4日，中央政治局会议决定：给予联防军司令部三项职权：统一晋西北与陕甘宁两个区域的军事指挥及军事建设；统一两个区域的财政经济建设；统一两个区域的党政军民关系。8月29日，中央政治局会议决定：原给予联防军司令部的统一晋西北与陕甘宁两个区域党政军民关系的这一项职权，改由中共中央西北局执行。[63]1943年1月，西北局高干会议结束不久，中央做出决定：“由于延安与华北华中的联系更加困难，陕甘宁及晋西北两个边区更加重要，特决定成立联防军政治部，直接管辖上述两个边区的部队的政治工作。委总政治部副主任谭政同志兼任联防军副政委及联防军政治部主任，委总政治部副主任傅钟同志兼任联防军政治部副主任，委一二〇师政治部主任甘泗淇同志兼联防军政治部第二副主任。留守兵团政治部撤销，并入联防军政治部。”[64]这是一个重大的人事变动，也是中央加强对陕甘宁边区军队领导的重要举措。
2.华北地区。1942年9月，中共中央太行分局成立，八路军一二九师政治委员邓小平兼任书记，统一领导太行、太岳、冀南、晋豫等抗日根据地的党委。10月21日，中共中央决定中共太岳、晋豫区委合编成立新的中共太岳区委，12月中共冀鲁豫区委书记黄敬兼任冀鲁豫军区政治委员。1943年3月，中共中央山东分局和山东军区、八路军一一五师师部三个机关合署办公，朱瑞任山东分局书记，黎玉任军区副政治委员兼分局副书记。1942年秋，中共中央晋绥分局成立，晋绥军区政治委员关向应兼任书记。因关向应有病在身，军区副政治委员、分局副书记林枫代理书记。
3.华中地区。1941年5月，中共中央中原局改称中共中央华中局，新四军政治委员刘少奇兼任书记。1942年3月，刘少奇赴延安后，新四军代政治委员饶漱石代理华中局书记。
4.华南地区。1945年撤销广东省临时委员会和东江军政委员会，成立中共广东区委，东江纵队政治委员林平兼任区委书记。
同时，华北、华中抗日根据地的县、区游击队政治委员由县、区委书记继续兼任；游击队长由同级县、区长兼任；县、区游击队长和政治委员，任同级常委或执委，参加党委的领导工作。军队的军政委员会和政治部成为各中共中央局、分局、区委和党委的一个部门，与组织部、宣传部具有同等的权力与义务，具体军事行动则由司令员和政治委员最后决定。[65]
为了正确地实施党的一元化领导，中共中央、中央军委、总政治部还要求广大干部明确党政军一元化领导的工作方针、原则和执行方法，而不是事无巨细，包揽一切。为此，军队与地方注意了对过去存在的分工不明、政出多门等问题的研究解决，做到统筹规划，明确分工，协调一致，从而克服了部分地区党政军工作的混乱局面，提高了工作效率和领导威信。