协会实行的是理事会决策、监事会监督、秘书处执行的管理模式，由省海洋与渔业厅主管副厅长分管。理事会有理事、常务理事，均由省协会领导和重点渔业市、县（区）渔业行政主管部门或执法机构主要领导及会员担任。各级渔业互保机构办事处（营业部）主任（副主任）均由各级渔业行政主管部门或执法机构主要领导担任，目前为贯彻落实省委巡视组关于“未经相应组织部门审批的公职人员（公务员及参公人员）不得在协会兼职”的整改要求，协会已免去不符合兼职条件人员的职务，工作人员以专职为主。
