尊崇《内经》，注重扶阳

窦材在学术上尊崇《黄帝内经》，反复申明了其作为中医经典的重要意义，认为其方为医家正传，后世医者不法《黄帝内经》，唯用本草之书，各执己见而成一家之技，治小病方可，治大病则不效。故《扁鹊心书》中提道：“《灵》《素》为医家正传，后世张仲景、王叔和、孙思邈、孙兆、初虞世、朱肱，皆不师《内经》，惟采本草诸书，各以己见自成一家之技，治小疾则可，治大病不效矣……后遇关中老医，叩余所学，笑曰：汝学非是岐黄正派，特小技尔。只能调小，俟其自愈，岂能起大病哉！余即从而师之，三年，师以法授我，反复参详，遂与《内经》合旨，由兹问世，百发百中，再观六子书，真儿戏耳。”

窦材以《黄帝内经》为研究始点，认为《素问·上古天真论》中论述了人体阳气乃身体之主宰，人由生到死的过程就是阳气由强到弱的消耗过程。“年四十，阳气衰，而起居乏；五十体重，耳目不聪明矣；六十阳气大衰，阴痿，九窍不利，上实下虚，涕泣皆出矣”，由此窦材推论曰“夫人之真元乃一身之主宰，真气壮则人强，真气虚则人病，真气脱则人死”，强调真元是人的根本，其名称在《扁鹊心书》中有真气、真阳、元气、肾气等。“凡看病要审元气虚实”“损其元气或元气已脱则不可治，虽灸亦无用矣”，这些论述说明阳气的盛衰是人体健康与病亡的主宰，故而住世保健与治病疗疾的根本在于保扶阳气。人体阳气充足则安康长寿，阳气衰减则体弱寿夭，甚而性命不保，阳气充盛，营卫调和，才能肌腠致密，邪不内侵，要始终以扶助人体阳气为养生疗疾的指导思想。

《扁鹊心书》延续《黄帝内经》思想，认为阴阳在人体生命活动调节中起着重要作用。人体是一个有机的整体，其内部蕴含着阴阳对立统一的关系，正如《素问·宝命全形论》曰：“人生有形，不离阴阳。”而阳气为人立命之本，可温暖、保持机体生理活动的正常运行。阳气是人体生理功能和物质代谢的动力，具有温养全身组织、维护脏腑功能、抵御邪气入侵等功能。人体阳气充足则安康长寿，阳气衰减则体弱寿夭。