力倡流注八穴，推广特定腧穴

针灸选穴处方中，腧穴的选择尤为关键。人体经脉腧穴有其各自循行分布及特定位置，腧穴定位的准确性直接影响针灸治疗效果。《黄帝内经》即有骨度分寸定位法，窦默亦强调选穴定位的精准，“取穴之法，必有分寸，先审自意，次观肉分。或伸屈而得之，或平直而安定。在阳部筋骨之侧，陷下为真。在阴分郄腘之间，动脉相应”。窦默认为定穴还须结合患者身体形态之高矮胖瘦，并采取适宜体位，取穴才更为精准，其对现代针灸临床取穴仍具重要指导意义。

除定穴外，窦默蒙《铜人腧穴针灸图经》和《子午流注针经》之影响，继宋代医学由博返约之趋势，集其老师和自身的临证经验，确定十二原穴为“枢要”，流注八穴为“纲纪”。在《针经指南·流注通玄指要赋》中详列43个穴位的主治疾病及注意事项，用词精简。其处方配穴亦为精当，提倡选用特定穴和经验穴，强调治疗脏腑病以求“门、海、俞、募”为妙，经络阻滞而用“原、别、交、会”之穴，便于后世医者在选穴处方时提纲挈领，执简而驭繁。

交经八穴首见于《针经指南》，“乃少室隐者所传”，虽非窦默所创，然窦默据其所传内容，结合铜台碑字王氏家藏本，并融入自身多年运用流注八穴之临证经验，论述流注八穴。“交经八穴者，针道之要也。”窦默记述之。“交经八穴”是十二正经与奇经八脉连接的纽带，其主治病证多达213个病证，较《铜人腧穴针灸图经》等既往文献所载病证范围大为扩展。此八穴既可单独治疗各自相通的奇经病证，如后溪与督脉相通，可治督脉之脊柱强痛、角弓反张等症；亦可据病变部位取上下两穴合用，如后溪通于督脉，申脉通于阳跷脉，两穴合用可治疗目锐眦、颈项、耳、肩部疾患。元代王国瑞及明代徐凤亦在交经八穴基础上，配以天干、地支，将其发展为按时取穴的飞腾八法和灵龟八法，使八穴应用再度扩展。窦默所著交经八穴内容亦被《普济方》《针灸大全》《针灸大成》等所引录，其主治病证再为增加，也使针灸的治疗范围大为扩展。