2.重视特定穴
（1）八脉交会穴：八脉交会穴，最初称为“流注八穴”，又称“交经八穴”，最早见于窦默《针经指南》，明代医家刘纯在《医经小学》称其为“经脉交会八穴”，后徐凤《针灸大全》以“八脉交会八穴”相称。八穴分布于四肢肘膝关节以下，分属心包、脾、三焦、胆、小肠、膀胱、肺、肾八经，与奇经八脉脉气相通。临证以主客相配应用时，八脉交会穴具有适应证广、针感强、高效安全等特点，因而为后世针家所重视。窦默于《针经指南》书中言此术为山人宋子华所传，但家中图籍藏本因屡遭兵乱而佚失，后其根据铜台王氏所藏而转述，并使之发扬光大。窦默善用且倡用八脉交会穴进行临床治疗，于《针经指南·流注八穴序》中尝言“以此术行于河淮间四十一年，起危笃患，随手应者，岂胜数哉”，其又在《针经指南·针经标幽赋》中云“八脉始终连八会，本是纪纲，十二经脉十二原，是为枢要”，表明窦默认为以八脉交会穴治疗疾病具有独特疗效。同时窦默在《针经指南·针经标幽赋》中还对八脉交会穴的功效进行了高度的概括，即“阳跷、阳维并督带，主肩背腰腿在表之病；阴跷、阴维任冲脉，去心腹胁肋在里之凝”，其根据八穴与八脉的关系，将八穴分属阴阳、表里，并分治经络与脏腑，可谓提纲挈领，故为后世所尊崇。
（2）五输穴：五输穴属特定穴，首见于《灵枢·九针十二原》，文中载“所出为井，所溜为荥，所注为输，所行为经，所入为合”，《难经》云“井主心下满，荥主身热，俞主体重节痛，经主喘咳寒热，合主逆气而泄”。窦默尊崇经旨，临床中亦常选用五输穴进行治疗，如“体重节痛而俞居，心下痞满而井主”，即通过井穴治疗心下痞满及脏腑疾病，并以俞穴治疗肢体沉重、活动不便及关节疼痛的病证；“劳宫退胃翻心痛亦何疑”，指通过运用荥穴以泻火清心、除烦止痛；“疟生寒热兮，仗间使以扶持”，为通过手厥阴心包经的经穴间使，以和解少阳、清热截疟。窦默在《流注通玄指要赋》中举五输穴治疗常见病20余例，“胸结身黄，取涌泉而即可”，即涌泉治疗肝胆湿热郁结所致的胸胁胀痛兼黄疸症状；“然谷泻肾”，然谷为足少阴肾经穴，可滋肾阴，降虚火，治疗肾之热症；“脊间心后者，针中渚而立痊”，心与背相引而痛取三焦经的中渚有良好的疗效；“阴陵开通于水道”，可以阴陵泉治疗水肿、小便不利等症状。
（3）原、络穴：原穴为脏腑原气经过与留止的部位。《难经·六十六难》记载，“脐下肾间动气，人之生命也，十二经之根本也，故名曰原”，指出原穴源于肾间动气，是人体生命活动的动力来源。五脏之原，加上膏、肓之原，合称“十二原”。窦默在临床中擅于通过原穴通达三焦，激发原气，调动机体正气以御病邪，从而调整脏腑经络的虚实病变。如其提到“心胀咽痛，针太冲而必除”，通过针刺太冲穴以治疗心胁部胀痛及咽痛；又如“抑又闻心胸病，求掌后之大陵”，即心中烦热、胸中闷胀或痛如针刺等实证，以及心悸怔忡、胸背相引疼痛的虚证，都可针刺心包经原穴大陵。
络穴首见于《灵枢·脉经》，是络脉从十四经脉别出之腧穴，共计十五个，合称“十五络”。窦默在《针经指南》中言，“络一十有五，有横络三百余，有丝络一万八千，有孙络不知其计”，“原夫络别支殊，经交错综”，指出络脉遍布周身上下，是机体内外沟通的桥梁和纽带。窦默在《黄帝内经》指导下，提出“络穴正在两经中间……若刺络穴，表里同治”，强调通过针刺络穴不仅可以治疗与之相关的脏腑病及所循行部位的病变，还可治疗表里两经病证，如“咳嗽寒痰，列缺堪治”“胸满腹痛刺内关”“刺偏历利小便，医大人水蛊”等。另外窦默还积极拓展络穴的临床应用，即“住痛移疼，取相交相贯之迳”，将络穴的功能主治进一步扩大，指出对于疼痛症状亦可选取表里两经相交的络穴，体现了窦默重视和灵活运用特定穴的学术思想。
（4）俞、募穴：俞、募穴分别是脏腑经气输注和结聚之处，与所属脏腑经气相通，因此俞、募穴与各脏腑病变有着密切的关系。窦默善于应用俞、募穴治疗脏腑病，提出“岂不闻脏腑病，而求门海俞募之微”，指出俞、募穴是针灸治疗脏腑疾病的重要穴位。窦默言“期门罢胸满血膨而可已”，即以期门治疗因肝气亢逆致胸胁支满并与瘀血凝滞成块而膨胀的症状；“肾俞把腰疼而泻尽”，指通过肾俞以扶正补虚，疏通经络，调节脏腑机能，从而治疗腰痛；“刺肝俞与命门，使瞽士视秋毫之末”，通过针刺肝俞、睛明以治疗眼疾。窦默不仅在临床上善用俞、募穴，同时还指出应注意其中的针刺禁忌，“禁刺处而除六俞，二十有二”，即对肺、心、膈、肝、脾、肾俞等二十余个穴位应谨慎针刺，以避免出现意外。
（5）郄穴、八会穴：“郄”与“隙”通用，是空隙、间隙的意思。郄穴是脏腑经气深聚的地方，首见于《针灸甲乙经》中，有“十六郄穴”之说，即十二正经每条经脉各有一个郄穴，与阴阳维脉、阴阳跷脉合为十六郄穴。窦默常于临床中选取郄穴，如《针经指南·针经标幽赋》中：“头风头痛刺申脉与金门。”金门为足太阳膀胱经的郄穴，通过针刺金门及申脉可显著缓解头痛症状；“泻阴郄止盗汗，治小儿骨蒸”，刺心经之郄穴阴郄以泻内热，治疗骨蒸、盗汗阴虚之症。
八会穴为脏、腑、气、血、筋、脉、骨、髓之精气所会聚之处的八个腧穴，最早见于《难经》。《难经·四十五难》云：“府会太仓，脏会季胁，筋会阳陵泉……热病在内者，取其会之气穴也。”窦默亦善用八会穴，提出“经络滞，而求原别交会之道”，指出八会穴在经络病中亦同样适用。如“悬钟、环跳，华佗刺躄足而立行”指悬钟和环跳穴对于缓解下肢疾患具有较好疗效，刺之能使下肢瘫痪、跛足之人立时行走；“胁下肋边者，刺阳陵而即止”即胁下肋边疾病，可针刺阳陵泉治疗。