选穴精当，配穴严谨
（1）取穴精准：人体腧穴遍布周身上下，诸穴之间相邻紧密，穴位选择的正确与否，往往会影响最终针刺疗效，因此针刺治疗必须对腧穴定位熟练掌握，并结合医者的临床经验及患者体型等因素进行治疗。正如窦默在《针经标幽赋》中言，“大抵取穴之法，必有分寸，先审自意，次观分肉。可伸屈而得之，或平直而安定”，窦默强调了针刺治疗时，医者应先审视自意，安定心神，然后再观察患者外形，以其同身寸、骨度分寸进行测量。其又云，“在阳部筋骨之侧，陷下为真；在阴分郄腘之间，动脉相应”，对于处于两筋、两骨之间，及肌肉、动脉等特殊位置的腧穴，则应明确其与体表位置及周围穴位的关系，体现了窦默严谨的治学思想和学术特点。
（2）三才取穴法：《周易》首次提出三才之说，《周易·系辞下》“公有天道焉，有地道焉，有人道焉”对三才关系进行了初步阐述，并认为天在上为阳，地在下为阴，人居于天地之间为和。《素问·六微旨大论》指出“上下之位，气交之中，人之居也”，表明天、地、人之间互相联系并互相影响。窦默继承先贤理论，在针灸临床中提出具体的应用方法。如《针经标幽赋》中云，“天地人三才也，涌泉同璇玑、百会；上中下三部也，大包与天枢、地机”，明确指出了天、地、人三部具体对应的穴位，其以三才理论为依据制定的三才取穴法为后世相关针灸理论研究奠定了坚实的基础。百会与涌泉分处人身两极。百会为督脉腧穴，由于手足三阳经及督脉的阳气在此交会，且督脉循行“入属于脑”，“脑为髓之海，其输上在于其盖”，因此，百会可调节髓海并激发各经阳气。涌泉与人体生命息息相关，位居人体最低处受万物生发之地气，其穴名即水如泉涌之意。水是生物体进行生命活动的重要物质，有浇灌、滋润之能。璇玑在中有枢纽之意，具有调畅气机之功。三穴同取，阴阳相应，布穴合理，配伍严谨，共奏开脑窍、通脑络、畅血脉、平衡阴阳、调整机体之功。三才取穴法强调人体阴阳、左右、上下、内外是一个有机联系的整体，后人据此发挥将三才取穴法应用于治疗一些痛证，取得了很好的疗效。
（3）主客取穴法：《针经指南》云：“交经八穴者，针道之要也。”窦默在此书中提出了交经八穴并定八穴所在及主治病证，“公孙穴主治二十七证：九种心痛、痰膈涎闷……先取公孙，后取内关……临泣穴主治二十五证……先取临泣，后取外关”。窦默言此法“明俾上下合而攻之，如会王师，擒微奸，捕细盗，虽有不获者，寡矣”，形成了上下主客配穴的针刺治疗思路。上下主客配穴指将腰部以上或上肢腧穴，和腰部以下或下肢腧穴配合应用。“主”指主症之穴，“客”指相合之穴，即治疗某一交经八穴的主症时，取此穴为主穴，配以相合之穴为客穴。窦默将八脉交会穴的八个腧穴分为四组：公孙配内关，主治胃、心、胸的疾患；列缺配照海，主治咽喉、肺、胸膈、肝、肾的疾患；外关配足临泣，主治目外眦、耳后、颊颈、肩、胁肋的疾患；后溪配申脉，主治目内眦、耳、颈项、肩膊、腰背的疾患。在临床应用时，先针主穴，后刺客穴，这种主客上下相配的规律，可使全身上下气血相通，将八脉交会穴主治范围进一步扩大，正如《针经指南》中所言：“上法先刺主症之穴……必求合穴……使上下相接，快然失其所苦。”后世《针灸大成》《针灸大全》在窦默八穴主症的基础上进一步完善了上下主客配穴，如《针灸大成·八法交会八脉》中提出“列缺二穴主通任脉，照海二穴客通阴跷脉，合于肺系、咽喉、胸膈”，表明在治疗肺系、咽喉、胸膈部位的疾病时，可先取主穴列缺，再取客穴照海，可使循行经过这些部位的任脉与阴跷脉脉气上下相通，从而治愈疾病。
（4）缪刺取穴法：《素问·缪刺论》载，“邪客于经，左盛则右病，右盛则左病，亦有移易者，左痛未已而右脉先病，如此者，必巨刺之，必中其经，非络脉也。故络病者，其痛与经脉缪处，故命曰缪刺”，指出巨刺与缪刺分别对应治疗经病与络病，二者虽有针刺深浅部位的不同，但均采用左病治右，右病治左的治疗原则。窦默在《黄帝内经》的影响下提出：“交经缪刺，左有病而右畔取，泻络远针，头有病而脚上针。”针刺治疗时按左病右取，右病左取的原则取穴，通过针刺健侧穴位调动其经脉之气，促进气血运行，以祛患侧同经之邪，同时激发患侧经络的功能，通过经络的全身整体调节作用，使左右阴阳协调，最终起到疏通经络、调和阴阳、调整机体平衡的作用。同为元代著名针灸医家的王国瑞亦善用“巨刺”“缪刺”法。如在《扁鹊神应针灸玉龙经·盘石金直刺秘传》中，针对中风半身不遂的针刺治法，主张“先于无病手足针宜补不宜泻，次针其有病手足，宜泻不宜补”；对头风偏痛不可忍，半边口燥热，取解溪穴时注明须“左疼取右，右疼取左”；对胸胁疼痛，语言咳嗽难，不可转侧，取支沟时注明“右疼泻左，左疼泻右”等，均是窦默《针经标幽赋》中“交经缪刺，左有病而右畔取”思想的继承和运用。
（5）按时取穴法：窦默推崇按时取穴，不仅强调针刺深浅受季节变化而影响，如“春夏瘦而浅刺，秋冬肥而刺深”，同时还由于应时之穴经气旺，刺之可获事半功倍之效，故而主张依时辰而行针。在《针经指南》中窦默还阐述了针刺治疗逐日按时开穴针法的具体应用方法，即以五输穴、原穴为基础，根据人体经络运行周期的规律并结合十二经脉气血的盛衰，分别配属十二时辰进行针刺治疗。另外，窦默在赋中还阐述了针灸时间的宜忌和时间补泻的基本方法“午前卯后，太阴生而疾温；离左酉南，月朔死而速冷”，即午前卯后、辰巳两个时辰用温补法，离左酉南、未申两个时辰用冷泻法。《扁鹊神应针灸玉龙经》注曰：“子、丑、寅三时，阴中之少阳不足为用也。午前卯后，乃辰巳之时，阳中之老阳，可治万病之虚寒。酉、戌、亥三时，阴中之老阴，不足生发也。离左酉南，乃未申之时，阳中之少阴，可治万病之烦躁者。温其虚寒则针而补之，灸而呵之；冷其烦躁则针而泻之，灸而吹之。”此论即通过观察日时阴阳之气的旺衰，候时而针刺，以取得或温补、或冷泻的治疗目的，此法亦是窦默善于运用按时配穴思想的体现。在金元干支学说盛行的时期，窦默所倡导的按时取穴对于推动时间节律在针灸临床中的运用起了一定的推动作用，并为后世研究子午流注、灵龟八法等时间医学问题，提供了必要而较完整的珍贵资料。