临床辨证施治，内科杂症为主

窦默不仅针灸基础理论根基深厚，而且临证经验丰富，疗效显著。在治疗原则方面，他吸取了《黄帝内经》《难经》的精华。《灵枢·经脉》说：“盛则泻之，虚则补之，热则疾之，寒则留之，陷下则灸之，不盛不虚以经取之。”窦默认为：“大抵疼痛实泻，痒麻虚补。”又《难经·六十八难》云，“井主心下满，荥主身热，输主体重节痛，经主喘咳寒热，合主逆气而泄”，与《针经标幽赋》中“体重节痛而俞居，心下痞满而井主”，皆是一脉相承。窦默在《针经标幽赋》中列举了十余种内科疾病的针刺疗法，其中不乏中风等重症。治疗时，窦默绝大部分都是依据“宁失其穴，勿失其经”的原则循经取穴，并以五输穴、原穴、络穴、郄穴为主。如虚弱劳损类的疾病用胃经的募穴天枢来治疗，心胸胀满用肝经的原穴太冲治疗，等等。而在针灸医案中，窦默记载其师用针之法，来说明针灸治病的神奇作用。如针刺“少阳与交别”，使“聋夫听夏蚋之声”，如今治疗突发性耳聋也多取听会穴、阳池穴，疗效颇佳。至于“漏崩带下，温补使气血依归”，是用温针以补之，使营血卫气调和。“阴阳维而下胎衣”，是指泻肾经的照海穴，补三焦经的外关穴，有下胎衣的作用。此与补大肠经的合谷穴，泻脾经的三阴交穴，有异曲同工之效。因为胎儿乃精血形成之物，妇人常多气少血，孕妇之血更当补而不当泻。