窦默选穴精当，其常对比周围穴位和临近经脉的主治功能，优中选优，常一二穴治一病，且效如桴鼓；擅用特定穴，尤其重用八脉交会穴。在配穴方面，窦默对腧穴的功用、主治和特性了解得较为详尽，注重单独取穴，善于在临证中通过缜密的辨证论治精选出单独穴位进行针刺治疗。窦默临床灵活应用各种配穴方法，如局部取穴、远部取穴、缪刺法、主客配穴、原络配穴法等。窦默少而精的取穴原则，对现代临床仍有重要的指导意义。
