政策分析
企业转让不动产，既要缴纳营业税、城市维护建设税及教育费附加和土地增值税，还要缴纳企业所得税。
一、涉税计算
1.营业税分析
根据《营业税暂行条例》销售不动产应按5%缴纳营业税，该集团公司应补营业税及附加：
10000×（5000-1000）×5%=2000000（元）
2.城市维护建设税及教育费附加
该企业所在地城市维护建设税的适用税率为7%，教育费附加征收率为3%，因此应补城市维护建设税：
2000000×7%=140000（元）
应补教育费附加：
2000000×3%=60000（元）
3.土地增值税分析
根据《土地增值税暂行条例》第九条的规定，纳税人有下列情形之一的，按照房地产评估价格征收：①隐瞒、虚报房地产成交价格的；②提供扣除项目金额不实的；③转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由的。
根据《财政部 国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）第二条关于转让旧房准予扣除项目的计算问题的规定，纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《条例》第六条第（一）、（三）项规定的扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。对纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除，但不作为加计5%的基数。对于转让旧房及建筑物，既没有评估价格，又不能提供购房发票的，地方税务机关可以根据《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称《税收征管法》）第三十五条的规定，实行核定征收。
该地税征管分局补征该集团公司土地增值税的计算过程如下。
流转环节的税收合计（营业税、城市维护建设税及教育费附加）：
2000000+140000+60000=2200000（元）
扣除项目——购买年度起至转让年度止每年加计5%计算的金额：
1000×5%×5=250（万元）
1000+220+250+30=1500（万元）
增值额：5000-1500=3500（万元）
增值额与扣除项目额比例：（3500÷1500）×100%=233%
土地增值税税额=增值额×60%-扣除项目金额×35%
=400×60%-1500×35%=2400-525=1875（万元）
合计补缴营业税和土地增值税：220+1875=2095（万元）
4.企业所得税分析
根据《企业所得税暂行条例》的规定，销售不动产收入应并入企业的应纳税所得额缴纳企业所得税，该集团公司此项交易应补企业所得税：
（4000-2095）×33%=628.65（万元）
企业合计应缴纳税费：
2095+628.65=2723.65（万元）
二、账务处理
借：本年利润——补缴税费 27236500
贷：应交税金——应缴营业税 2000000
——城市维护建设税 140000
——土地增值税 18750000
——企业所得税 6286500
其他应缴款——教育费附加 60000
由于当年查补，本应通过固定资产清理和营业外支出处理，但在汇算清缴前由于账户处理已经结束，为简便起见，直接通过本年利润调整处理：
借：应缴税金——应缴营业税 2000000
——城市维护建设税 140000
——土地增值税 18750000
——企业所得税 6286500
其他应主缴款——教育费附加 60000
贷：银行存款 27236500
根据《财政部 国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）第三条关于土地增值税的预征和清算问题的规定，对未按预征规定期限预缴税款的，应根据《税收征管法》及其实施细则的有关规定，从限定的缴纳税款期限届满的次日起，加收滞纳金。为简便起见，滞纳金未作计算，实际征管中还需要考虑相应的滞纳金。
另外，王某退股取得的资本利得（投资收益）还应当缴纳个人所得税。
王某投资3500万元占注册资本的80%以取得房产的形式收回，合计取得投资收益为
5000-3500=1500（万元）
王某退股取得的资本利得（投资收益）应当缴纳个人所得税合计为
1500×20%=300（万元）
王某取得了房产，在办理过户的过程中还应当缴纳契税合计为
5000×20%=150（万元）
将以上各项合计：
2000000+140000+18750000+6286500+60000+3000000+1500000=31736500（元）
王某在取得该办公楼的过程中，就需要缴纳各种税收3173.65万元。此外，还应当缴纳印花税和其他规费，为了从简说明，这里就不再细算。
另外，王某为原价再转让给公司，如果相关票据齐全，不需要缴纳营业税，但还需要再次缴纳契税和印花税等。
税务机关最终的意见：除了企业所得税可以作为调整事项在纳税申报日后事项中处理外，其他税项都作为偷税论处，并处0.5倍的罚款。