业务处理

通过以上政策分析，对于相关业务的处理就比较明确了。我们在这里引用部分资料分析进行说明。

第一种情况：假设甲公司在2012年6月30日决定清算注销。则A公司应分得剩余资产150万元。根据财税[2009]60号文件的规定，其中50万元应属股息所得，符合免税收入条件，免征企业所得税；投资转让所得为150-50-100=0，整体税额为0。

这是因为，甲公司的留存收益100万元为税后利润，且甲公司注销清算后，股份灭失，A公司、B公司为甲公司留存收益的最终受益者，所以应将相应的留存收益确认为股息所得，享受免税优惠。

第二种情况：假设A公司在2012年6月30日将其股权转让给C公司，协议转让价150万元。按国税函[2010]79号文件的规定，不得确认股息所得，A公司股权转让所得为150-100=50（万元），形成税款为50×25%=12.5（万元）。

这是因为，A公司所持的股份没有灭失，而是转让给了C公司。甲公司以后分配利润时，C公司作为新股东取得股息，有可能享受免税优惠。如果A公司在股权转让时，确认股息所得，享受免税优惠，就可能造成重复享受税收优惠的情况。

A公司确认的50万元股权转让所得，应属甲公司的税后利润。如果单从A公司的角度看，确实存在重复纳税的问题。但在此交易中，C公司应确认股权投资的计税基础为150万元，如果C公司在得到甲公司的利润分配后，再将股权出售给D公司，转让价只能是100万元，从而形成投资损失50万元，恰与A公司的投资收益相抵。而此时D公司股权投资的计税基础为100万元，与股权原持有者A公司当时的计税基础一致。股权投资的计税基础不变，投资收益与投资损失相抵，整体税负仍然为0，整体上不存在重复征税的问题。至于个体税负的不均衡，可以通过被投资方及时分配利润或者是通过股权转让方与受让方协商提高股权转让价格来规避，从而实现税负公平。

股权转让的税收政策与被投资方清算、撤减资不同，是因为股权转让所涉及的股份不灭失，其税收权益随股份流转而递延。根据国税函[2010]79号文件的规定，从整体上说不会形成重复征税，并有效地避免了重复享受税收优惠的问题。