分析结论

通过上述计算和分析，我们可以归纳出如下结论。

由于C公司未经有关部门批准从事融资租赁业务，相当于货物销售，他们需要缴纳72.65万元的增值税；而B公司经有关部门批准从事融资租赁业务，所以按营业差额征收营业税，不征收增值税。在该笔业务中，融资租赁公司购进5辆某品牌混凝土专用运输车的成本合计为2500万元，实际经营业收入为3000万元，该公司可以获得348.75万元的税后净利润。

而地处上海的A公司，经中国人民银行批准经营融资租赁业务，并且从2012年1月1日开始，在上海的物流和部分现代服务行业进行营业税改增值税试点，一般纳税人提供有形动产融资租赁服务，按17%的适用税率征收增值税，对其增值税实际税负超过3%的部分实行增值税即征即退政策，因此如果该公司从事该笔业务可以获得59.83万元的增值税退税。所以，A公司最终可以取得372.84万元的实际收益，比B公司的税后利益还要多出24.09（372.84-348.75）万元。

从理论上讲，A公司存在较大的利润让步空间。因此，甲公司应当选择跟A公司进行合作。