宗教团体商法人内部治理的主要问题
1.宗教团体商法人制度存在缺失导致法律形式混乱
宗教团体商法人诞生于“宗教场所”与“民办非企业”的夹缝之间，虽然套用了公司法人模式解决了宗教团体的法人需求，但是毕竟存在宗教团体与具名股东之间巨大的产权诉求张力。宗教团体商法人可以通过公司章程和内部承诺书在一定程度上解决产权诉求问题，但是现行法律的外观主义原则并不认同这种规定的对外法律效果。宗教团体商法人也不能囊括所有的宗教团体商主体形式，除了公司法人模式以外，更为广泛存在的可能是合伙型宗教团体商主体和个体型宗教团体商主体。法人型宗教团体商主体可以依法独立享有民事权利、承担民事责任，享有法人财产权。而合伙型宗教团体商主体则由全体合伙人对合伙债务承担连带责任，个体型宗教团体商主体由举办者以个人财产承担连带责任。这种三分法显然是参照营利性企业的所有制模式而确立的，这样的法律形式区分与资产管理制度不符，承认个体和合伙性质的宗教团体商主体不符合财产所有权和使用权的一般原则。以“个体”型宗教团体商主体为例，其作为非法人组织，在法律上，投入资产仍归其所有，并且无法独立于此人的其他财产。在活动期间所可能招致的债务和损失由其承担无限责任，但是如果一个人仅以挂名形式的财产从事宗教团体赋予的商业活动，以自己的全部财产负连带责任，这就有失公允。所以宗教团体商法人采取普通公司模式应当是现有法律框架下的次优选择。
2.内部治理规范缺乏系统性
绝大多数的宗教团体商法人的公司设立的简章都是非常简单的，虽然明确规定了任何人都不能够侵占、挪用商法人的资产，但商法人举行活动获取的收入都只能够用在章程规定的方面，商法人接受的捐赠和资助都应该按照具体的规定来使用，但是并没有明确地制定宗教团体商法人的组织管理制度，很多甚至简单参照民办非企业提出章程，应该涉及组织管理机制、法定代表人的产生任免机制。从上述的内容中可以知道，举办者也许可以完全按照自己的意愿来设置组织机构，按照自己的想法和要求来选择法定代表人。假如宗教团体商法人的举办者没有在章程中明确规定商法人治理结构的核心内容，那么举办者就有可能操控和决定所有的重要事务。因为大多数的宗教团体商法人都可以享受税收方面的优惠，很多都会接收到社会各方面的资助，所以如果举办者的权力不受到任何限制的话，就有可能趁机为自己谋取私利。有效发挥商法人自身的治理机制能够很好地避免这一问题，举办者在投入钱财之后，财产就会通过商法人治理结构来进行支配和运作，举办者是无法从中获得利润的，法人终止时也无权获得剩余财产。
3.监督管理制度不完善
宗教团体商法人的出现，本身也是我国经济社会发展的一个客观产物，宗教团体商法人过去长期是被按照“普通公司”来对待的。由于资源依赖的原因，宗教团体商法人很容易导致内部人控制的局面。故其所谓的“宗教团体”，实际充当的是类似于企业的“出资人”的地位。就我国现实看，不仅宗教团体商法人的自主治理仍有必要优化，而且普通公司存在的内部人控制和商业化陷阱在宗教团体商法人仍然存在。同时，宗教团体商法人在财务和管理方面的机制还可能存在更多的问题和缺陷。有的宗教团体商法人表面上采用的是董事会机制，但是在重要问题的决断方面还是由地位重要和特殊的个别人说了算的。此外，有许多的宗教团体商法人都没有制定严密健全的财务机制，对财产的监管不够，所以经常会出现主要管理者携款潜逃的情况，严重影响了宗教团体的名誉和社会公众的利益。
4.宗教团体商法人需要外部监管
与普通公司法人不同的是，宗教团体商法人的营利和财产将用于服务宗教宗旨，它先天存在着“所有者缺位”，天然存在受益权和控制权的分离，作为管理者的代理人也并不享有剩余索取权，享有固定报酬的管理者是风险的规避者。因此，宗教团体商法人的内部产权配置是无法实现责权利的相互对应。在实践中，为商法人的管理者配置一定的剩余控制权能够很好地激发管理者对团体的贡献，当然也会出现一些弊端，例如，有的管理者因为不懂得经营，违法经营或者以公谋私，导致丧失了公众的信任和依赖。所以，只对内部的治理机构进行完善还不能够解决商法人在制度方面的漏洞，也无法很好地处理代理人的问题。很少有国家制订专门针对宗教团体商法人的法律，大部分国家在具体的实践中倾向于通过增强外部的治理机制来进行管理，包括政府监管、社会监督，对管理者忠信义务的法律要求，尤为强调主张利益相关者通过各种途径全面参与的“协同治理”，所以协同治理就成为宗教团体商法人优化治理的重要内容。宗教团体商法人治理的主要目标就是合理地分配利益相关者的控制权。有效地降低管理者滥用权力的可能性，是宗教团体商法人治理的核心任务[9]。