《黄帝内经》毒药治其内，针石治其外
《黄帝内经》中的治疗学是以针灸为主、药物为辅的（仅有13首方剂），针药结合思想可能已经形成，但与现代意义上的针药结合的形式与内涵是有区别的，“针药分治”可能是其主要形式。经常作为“针药结合”的代表性观点引用的论述有“故圣人杂合以治，各得其所宜，故治所以异而病皆愈者，得病之情，知治之大体也（《素问·异法方宜论》）”，然而，这一论述强调的是针灸与药物各有其适应证，尽管治疗方法不同但可以治疗相同的疾病，并不是特指针灸与药物同时治疗疾病，从这一论述的问题“黄帝问曰：医之治病也，一病而治各不同，皆愈何也？岐伯对曰：地势使然也”更能明确这一点。可见，这一论述，并不是针对针药结合问题的（或是多种方法综合治疗），它是针对各种不同的治疗方法为什么能治疗同一种疾病的，论述重点是不同发病地域环境而产生不同的病因和体质，所以不同的治疗方法产生于不同的地域环境，而不是强调多种方法同时治疗疾病。
我们对《黄帝内经》全文进行了初步检索，真正的针/灸、药物同时治疗疾病的论述只有6条：
“调食和药，治在下俞”（《素问·经脉别论》）；
“可灸可药”（《素问·玉机真脏论》）；
“数刺其俞而药之”（《素问·骨空论》）；
“饮闭药，方刺之，时徒饮之”（《灵枢·四时气》）；
“代则取血络且饮药……紧则灸刺且饮药”（《灵枢·禁服》）；
“先饮利药……刺足内踝之下，然骨之前，血脉出血”（《素问·缪刺论》）。
其实，战国、秦汉的史料表明，当时医师更多的是“一人专事一技”，不太可能身兼数技，当时的法律也不允许医师同时用多种方法治疗疾病，如《史记·秦始皇本纪》载“秦法，不可兼方，不验，辄死”，《正义》注“令民之有方伎者不得兼两齐，试不验，辄赐死”。《灵枢·病传》的以下论述可能是这一法律观念的一种体现，“黄帝曰：余受九针于夫子，而私览于诸方，或有导引行气、乔摩、灸、熨、刺、
、饮药。之一者，可独守耶，将尽行之乎？岐伯曰：诸方者，众人之方也，非一人之所尽行也。黄帝曰：此乃所谓守一勿失，万物毕者也”；马莳注曰“此言诸方可行于众病，非行于一人，然守一可以御万也。诸方者，所以治众人之病，病有不同，故治之亦异也，岂必于一人之病而尽用之哉。帝悟诸方虽行于众病，而医工当知乎守一”；张介宾注曰“谓当因人所宜施治，是众人各有其方也”。
基于以上资料及分析，我们认为，《黄帝内经》尽管明确了针、灸、药物均可以治疗疾病，但运用针灸与药物结合的治疗可能还不是当时的主流。