《针方六集》以药明针，针药旁通
唐宋以降，针药分离更盛，汤药治疗成为中医临床主体，故诸多医家倡导“针药相须”等针药结合观点。明代《针方六集》可能正是这种历史状态的反映，专门著述了“旁通集”以期“以药明针”，向用药者介绍针灸、药物的异同，以促进针灸的应用，但主要强调的是针灸与药物遵循相同的中医理论，并不是强调针药同治，并进一步强调了药物治内、针灸治经脉的特点。
叙曰：郡邑之医，以药为政者，九十其徒。以针为政者，百难一二。然，皆朝夕由之，而不察其所以然者也。今欲善与人同，莫若因其所明以通之，以药明针，亦一道也。于是作旁通集。
针药无二致 一
药有汗、有吐、有下、有温、有凉、有补。针亦能汗、能吐、能下、能温、能凉、能补。今须顿悟得破针理药理，何物使之若此，又何以更无二致。
此节，从临床效应方面论述针灸、药物能起到相同的效应。
针药兼有 二
药有气、有味、有厚、有薄、有升、有降、有阴、有阳、有入肝、有入心、入脾、入肺、入肾之殊；为木、为火、为土、为水、为金之异。针有浮、有沉、有疾、有徐、有动、有静、有进、有退；有刺皮、刺脉、刺肉、刺筋、刺骨之殊；取井、取荥、取经、取合之异。针药二途，理无二致。
此节，从药物、针灸作为疾病干预方法的特性论述了针灸和药物治病途径的不同，但其道理是一样的。这里的道理一致并不是指作用相同，可能实指均能治疗疾病。
以气为主 二十一
用药以气为主，曰益气、曰正气、曰流气、曰清气、曰化气、曰降气；纷纷以气名汤者，气能统血，气治血而血亦治也。用针者亦以气为主，曰候气、曰见气、曰得气、曰引气、曰致气、曰行气；谆谆以气立法者，气能运血，气和而血亦和也。故胃气绝者，药亦无功。候气不至者，针亦无所用也。
此节强调药物、针灸“以气为主”在内涵上的差异。
针药所长 二十二
败血积于肠胃，留于血室，血病于内者，必攻而去之。药之所长，针不得而先之也。败血畜于经隧，结于诸络，血病于外者，必刺则去之。针之所长，药不得而先之也。里有败血，用药者必佐以辛温；表有败血者，用针必佐以熨烙，理一也。败血得寒则凝，得热则散故也。
此节进一步明确了药物、针灸治疗疾病的病机差异。
清代《续名医类案》认为：“凡属形体之疾，当外治，不明外治之法，服药虽中病，仅得医术之半耳。”同样是以上观点的再现。