学科建设成效与成果
此时期，医院伴随着共和国阔步前进的步伐，伴随着改革开放的风雨征程，实现医院飞速发展，医院综合实力已今非昔比，医院的竞争力和影响力显著增强。
“十五”期间对重点学科建设采取倾斜政策，鼓励优势学科率先发展，免疫风湿科、泌尿外科、心脏外科、神经外科、心血管内科、呼吸内科、超声医学取得了长足进步。五年来，开展了肾移植、骨髓干细胞移植、心脏直视下多种心脏病手术、脑干肿瘤的外科手术、心血管病的介入治疗、脑血管疾病的介入性诊疗、呼吸性疾病介入性诊疗、肝胆疾病介入性诊疗、实时三维超声和实时超声造影成像技术、治疗动脉闭塞性疾病、微创外科手术。投入120万元建立重症监护体系。
“十一五”期间，学科建设水平大幅提升。医院遴选免疫内科、心血管内科、呼吸内科、内分泌科、肾脏内科、泌尿外科等6个科室为医院重点科室，设立学科建设横向联合项目启动基金，加大了对重点学科和扶持科室的投入力度。医院开展了经支气管镜电刀及氩气刀治疗、自体干细胞移植术治疗糖尿病足、全胸腔镜下肺叶切除术、再生障碍性贫血异基因造血干细胞移植、淋巴瘤自体造血干细胞移植，开展新型生物制剂治疗难治性自身免疫性疾病、血浆置换及免疫吸附术，采用双柱锁定接骨板治疗肱骨远端骨折、桡骨远端骨折，采用全脊椎切除术治疗椎体肿瘤，颈椎椎弓根螺钉技术治疗上颈椎骨折等一系列新技术、新项目。
“十二五”期间，医院集中人力、财力、物力，高水平规划，高起点建设，高速度发展，努力培植医院的特色学科和优势学科，创出品牌，打造医院核心竞争力。医院提出“一年开好局、三年见成效、五年实现跨越发展”的学科发展战略及“发展特色、保障重点、带动整体”的学科发展思路，确定风湿病与自身免疫病学、呼吸内科、影像介入科、心血管内科、低视力康复、普通外科、泌尿外科、腔镜学科、生殖医学科等学科作为医院新一周期的重点培养学科，每年投入1000万元用于学科建设和人才培养。介入呼吸病学、眼视光学与低视力康复、产前超声与介入性超声、皮肤医学美容、骨质疏松性骨折预防与治疗、骨科生物力学达到国内先进水平，呼吸科、超声医学科、泌尿外科、耳鼻喉头颈外科、眼科、胃肠外科、甲乳外科、妇产科、肝胆外科、骨科、变态反应科、免疫风湿病科、内分泌科、神经内科、肿瘤放疗科、肿瘤介入技术、静疗技术、脑卒中筛查等达到省内领先或先进水平。医院与美国Salus大学合作成立国际联合低视力康复教育中心，医院被授予国家卫生部脑卒中筛查与防治基地、卫生部骨质疏松性骨折二级预防项目协作单位、卫生部和中国残联认定的低视力康复工程试点单位、人力资源和社会保障部博士后工作站、全国综合医院中医药工作示范单位、国家级皮肤医疗美容示范基地、全国临床药师培训基地、中国肺癌联盟肺结节诊治分中心，医院是福建省医学会变态反应学分会挂靠单位、福建省超声医学工程学会主任委员单位、福建省低视力康复指导组挂靠单位、福建医科大学肝胆胰疾病数字化技术临床应用中心挂靠单位。医院在国家级呼吸内镜培训基地评审中成绩高居全国第三名。
“十三五”期间，医院编制了五年发展规划——《福建医科大学附属第二医院建设和发展第十三个五年规划》，制定了“创中心建基地，构平台筑体系”的学科发展总体战略、大力推进“一个中心、三大体系、八大平台”建设，经过五年建设取得显著成效。
医院承担了福建省政府“医疗创双高”项目建设任务，包括“一个省级医学中心，四个省级重点专科”：福建省呼吸医学中心、免疫和变态反应专科、皮肤病专科、超声医学专科、中西医结合肿瘤科等省级医学中心和临床重点专科建设任务。
医院获得各级各类“中心”“基地”项目86项，包括人力资源和社会保障部博士后科研工作站、国际联合低视力康复教育中心、全国首批专科医师规范化培训基地、中国医师协会呼吸内镜医师培训基地、PCCM专科医师规范化进修基地、全国首批PCCM科规范化建设三级医院优秀单位、国家呼吸临床研究中心核心成员单位、中国辅助技术研究所视障辅助技术研究中心、国家级皮肤医疗美容示范基地、国家药物临床试验机构、国家脑防委高级卒中中心、中国胸痛中心、中国心衰中心、国家痛风规范诊治中心、骨科机器人远程手术中心创建单位、全国静脉血栓防治中心优秀单位、福建省产前诊断中心等。
呼吸病医学中心、妇幼保健体系、紧急医疗救援体系、急性呼吸道传染病救治体系、人类辅助生殖技术与优生技术平台（产前筛查及产前诊断技术）、脑卒中多学科协作体系、精准医疗平台、肿瘤多学科协作平台、先进影像技术平台、公共科研平台等已完成建设，在临床诊疗服务中取得显著成效。脑卒中多学科协作平台、微创技术培训平台、数字化医学平台等也在有序推进中。
“十三五”期间医院提出“提升急重难能力、打造高新特品牌”的思路，大力提升医疗技术水平及临床服务能力，其间共开展289项新技术、新项目。大力推动人工智能与远程医疗的临床应用，如增强支气管镜导航系统、支气管镜电磁导航系统、虚拟现实支气管镜教学系统、三维定向经皮穿刺导航机器人、AI智能影像诊断辅助系统、天玑骨科机器人的临床应用工作、数字化RICU等。医院成为泉州市首家互联网医院，完成远程医疗中心建设，被列入国家远程医疗与互联网医学中心协同中心。通过“机制建设、能力提升、设备专供、地空协同”全面提升紧急医疗救援能力的建设，完成“省级紧急医学救援五队”、创伤中心、空中直升飞机停机坪、应急医疗场所、重症医学等软硬件建设，极大提升了医院履行政府指令性紧急救援任务的能力。