2020年
1月26日，医院第一批9名支援湖北医疗队作为福建省首批支援湖北医疗队出征，27日抵达武汉，在武汉市中心医院后湖院区开展临床救治工作，2月2日转战武汉市金银潭医院。
2月20日，医院第二批67名支援武汉医疗队作为福建省第十一批支援湖北医疗队出征。泉州市委书记康涛、市长王永礼为医疗队壮行。此批医疗队由林建清副院长担任领队，另包括1名联络员、20名医师和45名护理人员，他们是来自重症医学科、呼吸与危重症医学科、感染科等专科的精锐医师骨干，以及重症医学科、呼吸科等内科的专业护理人员。
2月24日，医院第二批驰援湖北医疗队与第一批医疗队武汉会师，在武汉市金银潭医院正式开展医疗救治。医疗队进驻金银潭医院整建制接管综合楼4、5楼病区，共有病床114张，福建省第十一批医疗队还抽调了25名重症护理精英供金银潭医院危重症区统一调配。
3月3日，医院首批支援武汉医疗队所在的福建首批医疗队再赴金银潭医院接管4楼病区，与福建省第十一批医疗队并肩战斗。
3月7日，鲤城区欣佳酒店发生坍塌事故，医院迅即启动应急预案，调动全院救治力量参与医疗救治，快速集结外科系统精干力量组成15支急救小组、12支手术小组，以及行政、后勤、保卫等200余人。事故发生后，医院共收治伤员13人，其中重症伤员5人。经过积极抢救治疗，实施“一患一团队一方案”，集合国家、省级专家及本院专家智慧救治患者，伤员全部康复出院。
3月，医院以完备的安全体系高分通过信息安全等级保护2.0三级测评，成为泉州地区首家通过三级等保2.0测评的三甲医院。
3月22日，中国（福建）第15批援博茨瓦纳医疗队队员谢文锡、易靖艺、郑煜晖圆满完成2年援外任务回国。黄亚三、李海朋分别于8月27日和9月20日回国。
3月24日，医院第一批9名支援武汉医疗队返程回闽。福建省首批支援湖北抗击新冠肺炎疫情医疗队抵达武汉58天，累计管理患者257人，其中危重型患者73人，累计治愈出院165人，救治患者零死亡，医护人员零感染。
3月31日，医院第二批67名支援武汉医疗队返程回闽。福建省第十一批支援湖北抗击新冠肺炎疫情医疗队抵达武汉41天，累计管理患者134人，其中危重症36人，治愈出院96人，实现救治患者零死亡，医护人员零感染。
4月7日，第一批支援湖北医疗队队员载誉返泉。市委书记康涛、市长王永礼前往东海院区迎接他们胜利归来。
4月14日，第二批支援湖北医疗队队员凯旋回泉。市委书记康涛、市长王永礼前往东海院区迎接他们胜利归来。
5月，医院东海院区推行医保电子凭证的应用。
6月30日，医院获评“2019年度十佳工匠精神企业（单位）”。
6月，国家卫健委公立医院绩效考核管理平台公布了2018年度三级公立医院绩效考核国家监测指标医院评价结果，医院综合评价等级评定为A+，进入全国前10%。
7月，经省卫健委审批，医院获得“福建医科大学附属第二医院互联网医院”执业许可，成为泉州地区首家获得“互联网医院”服务资质的单位。
7月22日，福建医科大学党委副书记黄爱民一行莅临医院调研。
8月，在中国医院协会主办的2020中国医院院长论坛暨中国医院防控新冠肺炎疫情经验交流会上，医院喜获“全国医院新冠肺炎疫情防治党建先进团队”“中国医院科学抗疫创新团队”荣誉称号。
8月，医院跻身“2020中国综合医院手术量排行榜”和“2020中国综合医院平均住院日百强榜第35位”。
8月，医院被福建省总工会授予“福建省五一劳动奖状”称号，被泉州市委政法委授予“泉州市级平安单位”称号。
8月3日，东海院区产科开科，设置床位53张。
8月17日，医院举行“同心救护车”捐赠仪式，福建省泉州盛荣集团捐赠医院一部负压救护车。
8月17日，临床微生物实验室在东海院区正式揭牌，是福建省首个独立的微生物检验实验室，实验室主要包括微生物学实验室、免疫学实验室、分子生物学实验室。
8月，医院选派中心实验室周爽和检验科陈特彬、吕一鸣等3人作为福建省支援队队员赴香港执行协助为期一个月的核酸检测任务。
9月8日，护理部谢宝缘副主任荣获全国抗击新冠肺炎疫情先进个人。
10月13日，中央电视台（CCTV）对医院静脉血栓栓塞症（VTE）防治进行了实地采访和报道。
10月17日，眼科于杨主治医师荣获首届全国眼视光青年教师教学比赛特等奖。
11月18日，医院通过国家药物临床试验机构备案，共有呼吸内科专业、免疫专业、内分泌专业、肿瘤专业、麻醉科专业、泌尿外科专业、血液内科专业、普通外科专业等8个专业组。
10月19日，东海院区睡眠医学中心正式开诊。
11月20日，医院荣获第六届“全国文明单位”称号。
11月25日，医院被授予“2019年度—2020年度脑卒中高危人群筛查和干预项目先进单位”称号。
12月，副主任医师孙旭日、吴炜景被中共福建省委宣传部、福建省卫生健康委员会、福建省总工会授予2020年福建省“最美医师”称号。
12月，呼吸与危重症医学科党支部、发热门诊、检验中心获评“福建省抗击新冠肺炎疫情先进集体”称号；林建清、张华平获评“福建省优秀共产党员”称号；林建清、张华平、周爽、蔡绵绵、林翠芬获评“福建省抗击新冠肺炎疫情先进个人”称号。
12月19日，医院被授予“中国高血压达标中心”。
12月24日，医院与泉州师院、泉州海天材料科技股份有限公司合作成立福建省医护纺织品研究中心。