一、医疗服务
20世纪50年代，开展白内障囊内摘除术（不保留后囊膜的晶状体摘除手术，如α-糜蛋白酶、硅胶棒晶状体摘除）、囊外摘除术（保留后囊膜的晶状体摘除手术）、白内障截囊吸出术，共同性水平性斜视矫正术、抗青光眼手术（巩膜全层切除的小梁切除手术）、眼内异物巩膜外定位磁铁吸除术，眼外伤手术（眼睑裂伤缝合、角巩膜裂伤缝合）、视网膜脱离的巩膜电烙术、眼眶肿瘤摘除术等。
20世纪60年代初，在晋江地区率先开展角膜移植术（肉眼下，庄铭忠医师）、斜视矫正术、青光眼睫状体分离术、眼睑整形术等，随后开展了视网膜脱离手术（巩膜全层电凝+阔筋膜板层巩膜垫压）（陈淑询、陈淑端等）。
20世纪70年代，开展垂直肌斜视矫正术（黄松春等），眼睑、眼眶整形，青光眼白内障联合手术。
1985年，开展巩膜硅胶外加压术+硅胶带环扎术治疗视网膜脱离（黄松春等）。肌肉边缘切开术+拮抗剂圈套折叠术矫正斜视（黄松春、许锻练）。
1989年，率先在本地区开展了斜弱视专科门诊（黄松春、叶克菁等）。
1990年，开展肌腱松切术联合拮抗肌圈套折叠术矫正水平性共同性斜视。
1991年，眼科独立编制，当时床位共28张，同年开展了睫状体上腔埋管术治疗青光眼、巩膜瓣下硅胶埋管术治疗青光眼（庄铭忠）。
1992年，开展同名水平肌后退合并下斜肌切除治疗眼球震颤（许锻练）。
1995年，开展人工晶体睫状沟固定术（吴瑜瑜）。
1996年，吴瑜瑜从广州中山眼科中心进修回来在国内首批福建省率先开展青光眼引流性植入物（molteno引流器）手术，后又陆续开展了青光眼krupin引流阀和Ahmed引流阀植入手术，开展复合式小梁切除术（巩膜瓣下使用丝裂霉素C浸浴棉片联合可调整缝线）提高了难治性青光眼的疗效也奠定了医院青光眼专业在福建省内的学术地位。黄松春主任从北医进修回来率先在本地区开展了弱视斜视专科门诊。
1997年，陆续开展了显微镜下角膜移植术（陈淑端、吴瑜瑜）青光眼复合小梁切除术、青光眼非穿透小梁切除联合SKGEL植入术（吴瑜瑜）、白内障现代囊外摘除联合人工晶体植入术等。
1998年，开始开展白内障超声乳化手术联合人工晶体植入术（庄铭忠、许锻练）。
2000年，开展羟基磷灰石义眼台植入术治疗眼球摘除术后眼窝及上睑凹陷畸形（吴瑜瑜、陈淑端）。
2001年，开展翼状胬肉切除带角膜缘干细胞自体结膜移植治疗翼状胬肉。
2003年，开展非穿透小梁切除联合透明质酸凝胶术治疗开角型青光眼（吴瑜瑜）、睑板移植术、睑板移植睑成形术。成功进行人眼小梁细胞的体外培养（吴瑜瑜、陈书扬）。
2004年，开展20G标准三通道后段玻璃体切除手术（吴瑜瑜等）。眼底照相、眼底荧光血管造影（蔡幼妹）；开展了睫毛采样镜检诊断蠕形螨睑缘炎及茶树油睑缘擦拭治疗蠕形螨睑缘炎（高莹莹）。
2005年，先后开展印痕细胞学检查诊断难治性眼表面疾病，外侧睑板条悬吊治疗下睑外翻及功能性溢泪，羟基磷灰石垫片植入治疗爆裂性眼眶骨折及羊膜移植治疗严重眼化学伤等技术（高莹莹）。泪小点栓置入术治疗中重度泪液缺乏性干眼（吴瑜瑜）。
2007年，开展泪小点烧灼治疗重度泪液缺乏性干眼（高莹莹）。
2008年，开展改良手法按摩治疗睑板腺功能障碍（高莹莹）。
2011年，与美国爱尔康公司合作，科室全面开展白内障超声乳化手术（吴瑜瑜、高莹莹、洪玉）。
2012年，开展鼻内镜下鼻腔泪囊吻合术（高莹莹，叶克菁、高秀云）。
2014年5月，开展23G微创玻璃体视网膜手术（吴瑜瑜等）。
2015年，我科与美国salus大学成立国内第一个国际低视力康复与教育中心（胡建民）。
2016年，泉州市内率先开展有晶体眼人工晶体植入（ICL）治疗高度近视（高莹莹）。
2017年，开展白内障超声乳化联合散光矫正型人工晶体植入术（吴瑜瑜、洪玉）。此后陆续开展白内障超声乳化联合多焦点人工晶体植入术（吴瑜瑜等）。同年开展微创玻璃体切除联合黄斑前膜撕除眼内空气或C3F8填充手术和黄斑裂孔的微创玻璃体切除、内界膜撕除联合空气、C3F8或硅油填充（伴视网膜脱离）手术（吴瑜瑜）。
2018年5月29日，吴瑜瑜成功完成国内首批、泉州市第一例视网膜静脉阻塞性黄斑水肿患者的地塞米松玻璃体内植入剂（艾尔健傲迪适®，Ozurdex®）玻璃体腔置入术。同年9月10日，在福建省公立三甲医院率先开展严重眼外伤眼球萎缩的“玻璃体切除联合人工玻璃体球囊植入术”，为患者免除了眼球摘除的痛苦；高莹莹联合皮肤科开展微脉冲光治疗干眼及蠕形螨感染；倪倾凤，陈斌妮等人开展睑板腺按摩及中药熏蒸治疗睑板腺功能障碍性干眼症。
2019年，高莹莹开展自体交叉穿透性角膜移植治疗独眼角膜白斑。
2020年，吴瑜瑜购置IPL治疗睑板腺功能障碍性干眼症。
2020年，吴瑜瑜开展白内障超声乳化联合三焦点人工晶体植入术；吴瑜瑜等人开展规范化的、较高层次的白内障超声乳化联合各种功能性人工晶体植入术。
至此，福建医科大学附属第二医院眼科白内障手术从白内障复明手术进入屈光白内障手术时代。2020年8月起，眼科又陆续开设神经眼科门诊、干眼门诊、屈光门诊等特色门诊。
2021年，与耳鼻喉科联合开展甲状腺相关突眼鼻内镜下眼眶减压术，开展改良活结缝合自体结膜移植手术治疗翼状胬肉（高莹莹）。
眼科现设有鲤城院区眼科门诊、东海院区眼科门诊、眼视光中心及东海院区住院部。目前眼科中心设立有青光眼白内障门诊、玻璃体视网膜病（含糖尿病视网膜病门诊）、眼视光与低视力门诊、眼表面疾病眼整形门诊、神经眼科、眼免疫门诊、干眼门诊和小儿眼病筛查等几个专科门诊。其中青光眼、白内障和眼底病专业、眼视光和低视力专业、眼表面疾病专业等几个专业方向已达国内和国际先进水平。