“十一五”期间医院改革与发展的指导思想和奋斗目标
（一）指导思想和奋斗目标
以马克思列宁主义、毛泽东思想和邓小平理论及“三个代表”重要思想为指导，全面贯彻落实科学发展观，全面贯彻新时期医药卫生体制改革路线、方针、政策和中共十六届五中全会的精神。坚持发展是硬道理，遵循区域卫生规划及高教发展规律，走内涵发展道路，牢牢抓住医疗安全和医疗质量持续改进这个医院建设的永恒主题，坚持以人为本和以病人为中心，努力降低医疗费用，努力解决看病难、看病贵等行业的难点、热点问题；要坚定不移地以科学发展观统领医院经济、规模、结构发展的全局，在保持医院经济收入平稳较快的发展前提下，必须加快转变医院收入增长方式；努力建设节约型、学习型医院；必须不断加强和谐医患关系的建设，充分调动全院职工的工作积极性、主动性，激活内部活力，构建具有自身特色的医院文化。
要确实加强和落实医院战略管理。认真贯彻执行国家有关法律、法规和规章制度，健全医院各项工作制度，加强科学管理，严格依法治院，保障医院正常执业活动，不断提高医疗质量，确保医疗安全，改善医疗服务，提高运行绩效，促进医院健康、可持续发展。
要确实加强和落实医疗质量管理与持续改进。医疗质量是医院管理的核心内容和永恒主题，是不断完善和持续改进的过程，要加大力度建立健全医疗质量管理体系，要建立健全医疗质量管理组织，严格执行规章制度、技术操作规范、常规、标准，加强基础质量、环节质量和终末质量管理，建立和完善可追溯制度、监督评价和持续改进机制，提高医疗服务能力，为患者提供优质、安全、经济、便利的医疗服务，提高医院的核心竞争力。
确实加强医疗安全管理，坚持“严格要求、严密组织、严谨作风”，积极开展医疗安全监督、评价、改进工作。
努力提高医院的服务质量，维护患者的合法权益，规范服务行为，加强医德医风工作，不断改善服务环境和简化服务流程，严格价格管理，杜绝不合理收费。
加强医院的绩效管理，始终把社会效益放在首位，履行相应的社会责任和义务，努力提高工作效率，建立经济运行状态的监督、管理与评价机制。
实施“科教兴院”方针，以重点学科、特色专业建设、人才培养为重中之重，促进临床各科的全面发展。
积极稳妥推进医院人事制度和分配制度改革，以精简、效能原则定编定岗，鼓励竞争机制，建立内部激励机制和制约机制，实现质量效益型转变。
尽快解决限制制约医院发展的瓶颈用地问题，实现医院原址改扩建，以原址为依托，建设东海分院，实行一次性总体规划，分步、分期实施，努力改善住院和门诊环境，扩大重点、特色专科科室的规模。
（二）定位
福建医科大学附属第二医院是泉州地区医学科学的发祥地，闽南地区一所大型综合性三级甲等医院及博士、硕士研究生学位授权点单位。但与国家卫生部三级甲等医院的要求仍有一定的差距，与省内其他三所三级甲等综合性医院在经济收入、发展规模、学科建设、管理水平上亦有一定距离，相信通过自身的努力和政府的支持，医院的改革与发展将实现跨越式发展，达到全国普通高等医学院校附属综合性医院平均水平，从第二临床医学院向研究型医学院方向发展。
（三）改革与发展的目标
力争5年内医院的综合实力赶上省内综合性三级甲等医院的先进行列，医院以从事急危重症、疑难病症的临床诊疗为主，集医教研为一体，具有特色，成为面向东南亚、本地区一流的大型的现代化综合性医院。其中免疫风湿学科、超声医学、呼吸内科达到全国同类专业先进水平，骨科、心血管内科、神经内科、内分泌科、肝胆外科、泌尿外科、耳鼻喉科和妇产科达到省内先进或领先水平。