1977年6月，医院普外科分成外二科、外三科。
1986年10月，与上海第二军医大学长海医院肝胆研究所联合成立了肝胆外科诊疗中心，吴孟超院士莅临剪彩。
1987年9月，福建医学院肝胆研究二室成立。
2015年3月，肝胆研究二室在东海院区5号楼7楼增设一个病区为东海四病区。
2015年11月，福建医科大学肝胆胰疾病数字化技术临床应用中心成立。
2019年7月，肝胆胰外科正式独立，并搬迁至东海院区8号楼5楼52区。
